-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Expand file tree
/
Copy pathgenerate_charts.py
More file actions
471 lines (393 loc) · 15.4 KB
/
generate_charts.py
File metadata and controls
471 lines (393 loc) · 15.4 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
# generate_charts.py
import pandas as pd
import numpy as np
import plotly.graph_objects as go
import plotly.express as px
from plotly.subplots import make_subplots
import json
from datetime import datetime
import os
from pathlib import Path
# Configurações
BASE_DIR = Path(__file__).parent
DATA_DIR = BASE_DIR / "data"
OUTPUT_DIR = BASE_DIR / "public" / "charts"
OUTPUT_DIR.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
# Constantes
MONTH_LABELS = ["Jan", "Fev", "Mar", "Abr", "Mai", "Jun",
"Jul", "Ago", "Set", "Out", "Nov", "Dez"]
def load_and_combine_data():
"""Carrega e combina os 3 CSVs"""
print("Carregando dados SUS...")
files = [
DATA_DIR / "INTERNACOES_STREAMLIT_parte1.csv",
DATA_DIR / "INTERNACOES_STREAMLIT_parte2.csv",
DATA_DIR / "INTERNACOES_STREAMLIT_parte3.csv"
]
dfs = []
for file in files:
if file.exists():
print(f" Carregando {file.name}...")
df = pd.read_csv(file, low_memory=False, dtype={'ANO': str, 'MES': str})
dfs.append(df)
else:
print(f" Arquivo não encontrado: {file}")
if not dfs:
raise FileNotFoundError("Nenhum arquivo CSV encontrado")
combined = pd.concat(dfs, ignore_index=True)
print(f"Total de registros carregados: {len(combined):,}")
return combined
def preprocess_data(df):
"""Pré-processa os dados"""
print("Pré-processando dados...")
# Converte datas
if 'DT_INTER' in df.columns:
df['DT_INTER'] = pd.to_datetime(df['DT_INTER'], errors='coerce')
# Converte colunas numéricas
numeric_cols = ['IDADE', 'DIAS_PERM', 'MORTE', 'ANO', 'MES']
for col in numeric_cols:
if col in df.columns:
df[col] = pd.to_numeric(df[col], errors='coerce')
# Preenche valores ausentes
if 'SEXO_TXT' not in df.columns and 'SEXO' in df.columns:
df['SEXO_TXT'] = df['SEXO'].map({'1': 'Masculino', '2': 'Feminino', '3': 'Não informado'})
# Cria colunas derivadas se necessário
if 'ANO' not in df.columns and 'DT_INTER' in df.columns:
df['ANO'] = df['DT_INTER'].dt.year
if 'MES' not in df.columns and 'DT_INTER' in df.columns:
df['MES'] = df['DT_INTER'].dt.month
return df
def calculate_metrics(df):
"""Calcula métricas básicas"""
print("Calculando métricas...")
metrics = {
'total_internacoes': len(df),
'media_idade': df['IDADE'].mean() if 'IDADE' in df.columns else 0,
'taxa_mortalidade': (df['MORTE'].mean() * 100) if 'MORTE' in df.columns else 0,
'media_permanencia': df['DIAS_PERM'].mean() if 'DIAS_PERM' in df.columns else 0,
'ano_min': int(df['ANO'].min()) if 'ANO' in df.columns and df['ANO'].notna().any() else 0,
'ano_max': int(df['ANO'].max()) if 'ANO' in df.columns and df['ANO'].notna().any() else 0,
}
return metrics
def generate_time_series_chart(df, output_path):
"""Gera gráfico de série temporal"""
print("Gerando série temporal...")
if 'DT_INTER' not in df.columns or df['DT_INTER'].isna().all():
print(" Sem dados de data para série temporal")
return None
# Agrupa por dia
df_daily = df.dropna(subset=['DT_INTER']).copy()
df_daily = df_daily.set_index('DT_INTER').sort_index()
ts_daily = df_daily.groupby(pd.Grouper(freq='D')).size()
# Calcula médias móveis
ts_ma7 = ts_daily.rolling(7, min_periods=1).mean()
ts_ma30 = ts_daily.rolling(30, min_periods=1).mean()
# Cria gráfico
fig = go.Figure()
fig.add_trace(go.Scatter(
x=ts_daily.index,
y=ts_daily.values,
mode='lines',
name='Diário',
opacity=0.3,
line=dict(width=1, color='#1f77b4')
))
fig.add_trace(go.Scatter(
x=ts_ma7.index,
y=ts_ma7.values,
mode='lines',
name='MM7',
line=dict(width=2, color='#ff7f0e')
))
fig.add_trace(go.Scatter(
x=ts_ma30.index,
y=ts_ma30.values,
mode='lines',
name='MM30',
line=dict(width=3, color='#2ca02c')
))
# Adiciona marcação da pandemia
fig.add_vrect(
x0="2020-03-01",
x1="2022-05-22",
fillcolor="#ffcccc",
opacity=0.2,
line_width=0
)
fig.update_layout(
title='Evolução Temporal das Internações',
xaxis_title='Data',
yaxis_title='Internações por Dia',
margin=dict(l=60, r=20, t=50, b=50),
hovermode='x unified',
height=500,
showlegend=True
)
# Salva como SVG
fig.write_image(output_path, format='svg', width=1200, height=500)
print(f" Gráfico salvo em: {output_path}")
return output_path
def generate_heatmap_charts(df, output_dir):
"""Gera heatmaps de sazonalidade"""
print("Gerando heatmaps...")
if 'ANO' not in df.columns or 'MES' not in df.columns:
print(" Sem dados de ano/mês para heatmap")
return []
# Prepara dados
hm = df.groupby(['ANO', 'MES']).size().reset_index(name='qtd')
if hm.empty:
print(" Sem dados para heatmap")
return []
# Heatmap de contagem
mat = (hm.pivot(index='ANO', columns='MES', values='qtd')
.reindex(columns=range(1, 13))
.fillna(0)
.astype(int))
fig1 = px.imshow(
mat.values,
labels=dict(x='Mês', y='Ano', color='Internações'),
x=MONTH_LABELS,
y=mat.index.astype(str).tolist()[::-1],
aspect='auto',
color_continuous_scale='Blues',
text_auto=True
)
fig1.update_layout(
title='Sazonalidade - Contagem Absoluta',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
fig1.update_yaxes(autorange='reversed')
output1 = output_dir / 'heatmap_count.svg'
fig1.write_image(output1, format='svg', width=1000, height=400)
print(f" Heatmap 1 salvo em: {output1}")
# Heatmap de participação percentual
row_sums = mat.sum(axis=1).replace(0, np.nan)
share = (mat.div(row_sums, axis=0) * 100).round(1)
fig2 = px.imshow(
share.values,
labels=dict(x='Mês', y='Ano', color='% no ano'),
x=MONTH_LABELS,
y=share.index.astype(str).tolist()[::-1],
aspect='auto',
color_continuous_scale='Viridis',
text_auto=True
)
fig2.update_layout(
title='Sazonalidade - Participação Percentual',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
fig2.update_yaxes(autorange='reversed')
output2 = output_dir / 'heatmap_share.svg'
fig2.write_image(output2, format='svg', width=1000, height=400)
print(f" Heatmap 2 salvo em: {output2}")
return [output1, output2]
def generate_distribution_charts(df, output_dir):
"""Gera gráficos de distribuição"""
print("Gerando gráficos de distribuição...")
outputs = []
# Distribuição por sexo
if 'SEXO_TXT' in df.columns or 'SEXO' in df.columns:
sex_col = 'SEXO_TXT' if 'SEXO_TXT' in df.columns else 'SEXO'
# Pie chart
sex_counts = df[sex_col].value_counts()
fig_pie = go.Figure(data=[go.Pie(
labels=sex_counts.index,
values=sex_counts.values,
hole=0.4,
marker=dict(colors=['#1f77b4', '#ff7f0e', '#2ca02c', '#d62728'])
)])
fig_pie.update_layout(
title='Distribuição por Sexo',
margin=dict(l=20, r=20, t=40, b=20),
height=400
)
output_pie = output_dir / 'sex_distribution_pie.svg'
fig_pie.write_image(output_pie, format='svg', width=600, height=400)
outputs.append(output_pie)
print(f" Pie chart salvo em: {output_pie}")
# Bar chart
fig_bar = go.Figure(data=[go.Bar(
x=sex_counts.values,
y=sex_counts.index,
orientation='h',
marker=dict(color='#1f77b4')
)])
fig_bar.update_layout(
title='Internações por Sexo',
xaxis_title='Número de Internações',
yaxis_title='Sexo',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
output_bar = output_dir / 'sex_distribution_bar.svg'
fig_bar.write_image(output_bar, format='svg', width=600, height=400)
outputs.append(output_bar)
print(f" Bar chart salvo em: {output_bar}")
# Distribuição por faixa etária
if 'FAIXA_ETARIA' in df.columns:
age_counts = df['FAIXA_ETARIA'].value_counts().sort_index()
fig_age = go.Figure(data=[go.Bar(
x=age_counts.index,
y=age_counts.values,
marker=dict(color='#2ca02c')
)])
fig_age.update_layout(
title='Distribuição por Faixa Etária',
xaxis_title='Faixa Etária',
yaxis_title='Internações',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
output_age = output_dir / 'age_distribution.svg'
fig_age.write_image(output_age, format='svg', width=800, height=400)
outputs.append(output_age)
print(f" Age distribution salvo em: {output_age}")
# Distribuição por grupo CID
if 'CID_GRUPO_J' in df.columns:
cid_counts = df['CID_GRUPO_J'].value_counts().head(15)
fig_cid = go.Figure(data=[go.Bar(
x=cid_counts.values,
y=cid_counts.index,
orientation='h',
marker=dict(color='#ff7f0e')
)])
fig_cid.update_layout(
title='Top 15 Grupos CID-10',
xaxis_title='Internações',
yaxis_title='Grupo CID-10',
margin=dict(l=100, r=20, t=40, b=50),
height=500
)
output_cid = output_dir / 'cid_distribution.svg'
fig_cid.write_image(output_cid, format='svg', width=800, height=500)
outputs.append(output_cid)
print(f" CID distribution salvo em: {output_cid}")
return outputs
def generate_mortality_charts(df, output_dir):
"""Gera gráficos relacionados à mortalidade"""
print("Gerando gráficos de mortalidade...")
outputs = []
if 'MORTE' in df.columns and 'FAIXA_ETARIA' in df.columns:
# Mortalidade por faixa etária
mort_by_age = df.groupby('FAIXA_ETARIA')['MORTE'].mean().reset_index(name='taxa')
mort_by_age['taxa_pct'] = mort_by_age['taxa'] * 100
fig_mort_age = go.Figure(data=[go.Bar(
x=mort_by_age['FAIXA_ETARIA'],
y=mort_by_age['taxa_pct'],
text=[f'{x:.1f}%' for x in mort_by_age['taxa_pct']],
textposition='auto',
marker=dict(color='#d62728')
)])
fig_mort_age.update_layout(
title='Taxa de Mortalidade por Faixa Etária',
xaxis_title='Faixa Etária',
yaxis_title='Taxa de Mortalidade (%)',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
output_mort_age = output_dir / 'mortality_by_age.svg'
fig_mort_age.write_image(output_mort_age, format='svg', width=800, height=400)
outputs.append(output_mort_age)
print(f" Mortality by age salvo em: {output_mort_age}")
if 'MORTE' in df.columns and 'DT_INTER' in df.columns:
# Mortalidade ao longo do tempo
df_mort = df.dropna(subset=['DT_INTER']).copy()
df_mort = df_mort.set_index('DT_INTER').sort_index()
mort_daily = df_mort.groupby(pd.Grouper(freq='D'))['MORTE'].mean()
mort_ma30 = mort_daily.rolling(30, min_periods=7).mean()
fig_mort_time = go.Figure()
fig_mort_time.add_trace(go.Scatter(
x=mort_daily.index,
y=mort_daily.values * 100,
mode='lines',
name='Diária',
opacity=0.3,
line=dict(color='#d62728', width=1)
))
fig_mort_time.add_trace(go.Scatter(
x=mort_ma30.index,
y=mort_ma30.values * 100,
mode='lines',
name='MM30',
line=dict(color='#9467bd', width=2)
))
fig_mort_time.update_layout(
title='Mortalidade ao Longo do Tempo',
xaxis_title='Data',
yaxis_title='Taxa de Óbito (%)',
margin=dict(l=60, r=20, t=40, b=50),
height=400
)
output_mort_time = output_dir / 'mortality_time_series.svg'
fig_mort_time.write_image(output_mort_time, format='svg', width=1000, height=400)
outputs.append(output_mort_time)
print(f" Mortality time series salvo em: {output_mort_time}")
return outputs
def generate_metadata(metrics, output_dir):
"""Gera arquivo de metadados com as métricas"""
metadata = {
'generated_at': datetime.now().isoformat(),
'metrics': metrics,
'charts': {
'time_series': 'time_series.svg',
'heatmap_count': 'heatmap_count.svg',
'heatmap_share': 'heatmap_share.svg',
'sex_distribution_pie': 'sex_distribution_pie.svg',
'sex_distribution_bar': 'sex_distribution_bar.svg',
'age_distribution': 'age_distribution.svg',
'cid_distribution': 'cid_distribution.svg',
'mortality_by_age': 'mortality_by_age.svg',
'mortality_time_series': 'mortality_time_series.svg',
}
}
output_file = output_dir / 'metadata.json'
with open(output_file, 'w', encoding='utf-8') as f:
json.dump(metadata, f, indent=2, ensure_ascii=False)
print(f"Metadados salvos em: {output_file}")
return output_file
def main():
"""Função principal"""
print("=" * 60)
print("GERADOR DE GRÁFICOS SIH/SUS")
print("=" * 60)
try:
# 1. Carregar dados
df = load_and_combine_data()
# 2. Pré-processar
df = preprocess_data(df)
# 3. Calcular métricas
metrics = calculate_metrics(df)
print(f"\nMétricas calculadas:")
print(f" Total de internações: {metrics['total_internacoes']:,}")
print(f" Média de idade: {metrics['media_idade']:.1f} anos")
print(f" Taxa de mortalidade: {metrics['taxa_mortalidade']:.2f}%")
print(f" Média de permanência: {metrics['media_permanencia']:.1f} dias")
print(f" Período: {metrics['ano_min']} - {metrics['ano_max']}")
# 4. Gerar gráficos
print(f"\nGerando gráficos...")
# Série temporal
time_series_path = generate_time_series_chart(
df,
OUTPUT_DIR / 'time_series.svg'
)
# Heatmaps
heatmap_paths = generate_heatmap_charts(df, OUTPUT_DIR)
# Distribuições
distribution_paths = generate_distribution_charts(df, OUTPUT_DIR)
# Mortalidade
mortality_paths = generate_mortality_charts(df, OUTPUT_DIR)
# 5. Gerar metadados
metadata_path = generate_metadata(metrics, OUTPUT_DIR)
print(f"\n✅ Processo concluído!")
print(f"📊 Gráficos gerados: {len(heatmap_paths) + len(distribution_paths) + len(mortality_paths) + 1}")
print(f"📁 Pasta de saída: {OUTPUT_DIR}")
except Exception as e:
print(f"\n❌ Erro durante a execução: {e}")
import traceback
traceback.print_exc()
return 1
return 0
if __name__ == '__main__':
main()