Скачать только этот репозиторий без субмодулей
git clone --depth 1 https://github.com/CandyGoose/ITMO_Software_engineering.git
Скачать с конкретным субмодулем
cd ITMO_Software_engineering
git submodule update --init --depth 1 3_term_Software_engineering/Web_programming
Или с несколькими
cd ITMO_Software_engineering
git submodule update --init --depth 1 path/to/submodule1 path/to/submodule2