Hai individuato perfettamente il fulcro della situazione. Ci sono due elementi distinti che stanno accadendo qui: l'avviso (warning) in console e il motivo reale per cui non vedi più l'overlay visivamente.
Ecco esattamente cosa sta succedendo e come risolvere entrambi i problemi.
Il messaggio di errore è un semplice "avviso" (non blocca il codice). Slider Revolution, a partire dalla versione 7 (che stai attualmente utilizzando, come si nota dai tag <sr7-module>), ha eliminato la dipendenza da jQuery per migliorare le prestazioni.
Il codice che hai inserito funziona ancora (le classi cc-sr-overlay e cc-sr-o-bottom-dark-strong vengono effettivamente applicate al div wp-block-themepunch-revslider, lo si vede nel tuo HTML), ma SR ti sta dicendo "smetti di usare jQuery".
La soluzione (Vanilla JS):
Sostituisci il tuo script personalizzato con questo equivalente in JavaScript puro, che non farà arrabbiare Slider Revolution ed eviterà l'errore DOMTokenList originario passando le classi come argomenti separati:
window.addEventListener('load', function() {
const sliders = document.querySelectorAll('.wp-block-themepunch-revslider');
sliders.forEach(function(slider) {
slider.classList.add('cc-sr-overlay', 'cc-sr-o-bottom-dark-strong');
});
});