fix(go): apply Phase A review feedback + slim progress doc

Reviewer A (Go 코드 품질) Critical 2 + Major 다수:
- isNormalShutdown dead branch 제거 (nil || ctx.Canceled 만)
- stubHandler 가 *Deps 캡처 (8 call site 시그니처 통일)
- Register 가 error 반환 + defer recover() (AddTool panic 가드)
- log.Printf → slog.Error
- go.mod toolchain go1.25.0 directive
- Deps ghost field 제거 → 빈 struct + 향후 sketch 코멘트

Reviewer B (설계/문서) Major 8 — doc 정확도:
- LOC 정정 (main.go 80→74, tools.go 137→134)
- §1.5 code block runnable + topk non-nullable 정정
- §2.2 absolute path placeholder + namespace 충돌 설명
- §4.7 macOS bash 3.2 coproc 경고
- §7 다음 마일스톤 11개로 확장

phase-a-mcp-boot.md 슬림화 (588→180줄):
- F1~F6 narrative → 동작/한계 매트릭스
- §3 Level 1.1~1.6 6 시퀀스 → 핵심 3 블록 (build/list/call)
- §4 cookbook 8 subsection → mcp_call 헬퍼 + 8 tool 호출 1 블록
- §6 코드 변경 요약 삭제 (git diff에 있음)

검증: go build · go vet · smoke test (initialize → tools/list 8 → tools/call) ✅

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 (1M context) <noreply@anthropic.com>

Author: 2 people

cmd/rune-mcp/main.go

@@ -16,11 +16,9 @@ package main
 import (
 	"context"
 	"errors"
-	"io"
-	"log"
+	"log/slog"
 	"os"
 	"os/signal"
-	"strings"
 	"syscall"
 
 	sdkmcp "github.com/modelcontextprotocol/go-sdk/mcp"
@@ -56,26 +54,21 @@ func main() {
 		Version: version,
 	}, nil)
 
-	mcp.Register(srv, deps)
+	if err := mcp.Register(srv, deps); err != nil {
+		slog.Error("rune-mcp register failed", "err", err)
+		os.Exit(1)
+	}
 
 	if err := srv.Run(ctx, &sdkmcp.StdioTransport{}); err != nil && !isNormalShutdown(err) {
-		log.Printf("rune-mcp serve error: %v", err)
+		slog.Error("rune-mcp serve error", "err", err)
 		os.Exit(1)
 	}
 }
 
-// isNormalShutdown reports whether err corresponds to expected stdio teardown
-// (stdin EOF, ctx cancel from SIGINT/SIGTERM, or the SDK's internal
-// jsonrpc2.ErrServerClosing surfacing as "server is closing"). Those are not
-// failures and must not produce exit code 1.
+// isNormalShutdown reports whether err corresponds to expected stdio teardown.
+// The SDK's `Connection.Wait` filters io.EOF to nil before returning, so on
+// stdin EOF Run returns nil. The only other expected exit is ctx cancel from
+// SIGINT/SIGTERM, which surfaces as context.Canceled.
 func isNormalShutdown(err error) bool {
-	if err == nil {
-		return true
-	}
-	if errors.Is(err, io.EOF) || errors.Is(err, context.Canceled) {
-		return true
-	}
-	// jsonrpc2.ErrServerClosing lives in an internal package, so we can't use
-	// errors.Is. The message is stable per the SDK source.
-	return strings.Contains(err.Error(), "server is closing")
+	return err == nil || errors.Is(err, context.Canceled)
 }

docs/v04/notes/flow-matrix.md

@@ -75,6 +75,8 @@
 | 11 | `adapters/logio/capture_log.go::Append` | 3/10 | write tool 3개 (CAP·BAT·DEL) |
 
 > **TM** = teammate scope. 타입 시그니처는 팀원 확정에 의존하지만, 내 구현 코드의 거의 모든 경로가 이 에러 타입을 참조한다.
+>
+> **현재 상태 (2026-04-25, Phase A 합격 후)**: Tier S 1·2·4 (`Deps`, `obs/slog`, `lifecycle/boot`)는 본 매트릭스가 "stdlib-only로 즉시 시작 가능"이라 분류했지만, 실제로는 Phase A가 vertical slice 우선 (SDK 연결)로 진행되며 **셋 다 still skeleton 상태**다. `Deps`는 빈 struct, `obs/slog`은 `NewRequestID() == ""` stub, `lifecycle/boot.go::RunBootLoop`은 `_ = ctx`. Phase A.5 또는 Phase 4 진입 전에 보강 필요. 자세한 phase별 상태는 [`docs/v04/progress/`](../progress/).
 
 ---
 

docs/v04/progress/README.md

@@ -26,15 +26,18 @@ README의 7-Phase 로드맵(Phase 1 외부 deps → Phase 7 검증)이 **horizon
 | 마일스톤 | 상태 | 문서 | 관련 커밋 |
 |---|---|---|---|
 | Phase A — MCP boot (handshake + tools/list) | ✅ 합격 | [phase-a-mcp-boot.md](phase-a-mcp-boot.md) | `19b7bf6` (브랜치 `yg/first-mcp-boot`) |
-
-이후 마일스톤 (예정):
-- Phase B — `rune_diagnostics` environment 섹션 진짜 응답 (stdlib only)
-- Phase 1 — `go.mod` 외부 deps 본격 추가 (gRPC · envector SDK · embedder proto)
-- Phase 4a — Vault 클라이언트 + 부팅 시퀀스 연결
-- Phase 4b — envector SDK 연결 (Q4 PR 머지 후)
-- Phase 4c — embedder 클라이언트
-- Phase 5 — service 레이어 오케스트레이션
-- Phase 7 — golden fixture 기반 bit-identical 검증
+| Phase A.5 — smoke test 추가 (CI 회귀 방지) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase B — `rune_diagnostics` environment 섹션 진짜 응답 (stdlib only) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 1 — `go.mod` 외부 deps 본격 추가 (gRPC · envector SDK · embedder proto) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 2 — `internal/domain` + `internal/policy` 순수 로직 (TM scope) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 3 — `record_builder` 703 LoC + `payload_text` 364 LoC 포팅 (TM scope) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 4a — Vault 클라이언트 + 부팅 시퀀스 연결 | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 4b — envector SDK 연결 (Q4 PR 머지 후) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 4c — embedder 클라이언트 | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 5 — service 레이어 오케스트레이션 (`stubHandler` → 실제 service 호출) | ⏳ 예정 | — | — |
+| Phase 7 — golden fixture 기반 bit-identical 검증 | ⏳ 예정 | — | — |
+
+> Phase 6 (MCP wiring)은 Phase A에서 부분 선행됐으므로 별도 마일스톤으로 빼지 않음. Phase 5의 service 호출 교체에 흡수됨.
 
 ## 사용 방식