aeet2025

Author: elequintero

.gitignore

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 pruebaignore.pptx
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+.DS_Store

AEET_2025/reproducible_science.qmd

@@ -22,18 +22,21 @@ bibliography: references_git.bib
 ## Introduction
 
 The objectives of this workshop are:
-- Effective collaboration, using the version control Git within RStudio.
-- Pushing local changes in R to a remote repository.
-- Sharing reproducible research with the community through GitHub.
-- Meet Quarto and learn the anatomy of a qmd file to authoring Quarto documents
-- Basic functionalities of Quarto, enabling attendees to create good-looking and easily shareable documents.
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+-   Effective collaboration, using the version control Git within RStudio.
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+-   Pushing local changes in R to a remote repository. - Sharing reproducible research with the community through GitHub.
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+-   Meet Quarto and learn the anatomy of a qmd file to authoring Quarto documents
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+-   Basic functionalities of Quarto, enabling attendees to create good-looking and easily shareable documents.
 
 ### Workshop structure
 
 | Bloques                                | Tiempo estimado |
 |----------------------------------------|-----------------|
 | Introducción                           | 15 min          |
-| Instalación                            | 25 min          |
+| Instalación Git                        | 25 min          |
 | Repositorios y proyectos               | 20 min          |
 | Flujo de trabajo en Git y GitHub       | 1 h             |
 | Descanso                               | 20 min          |
@@ -45,14 +48,18 @@ The objectives of this workshop are:
 
 ## Who we are?
 
-Verónica Cruz Alonso (veronica.cral@gmail.com), Elena Quintero () and Guillermo Fandos
+Verónica Cruz Alonso (veronica.cral\@gmail.com), Elena Quintero (elenaquintero.qb\@gmail.com) and Guillermo Fandos ()
 
 And you... who are you?
 
 ![QR](images/mentimeter_qr_code.png) <https://www.menti.com/8fnfxiwrk7>
 
 ## Introducción
 
+Probably, at some point, you’ve struggled with broken scripts that no longer work, repeated the same calculations multiple times to update a manuscript, or dealt with co-authors’ comments while working on different versions of a document. To help avoid these situations and other challenges in scientific workflows, this workshop explores the powerful combination of GitHub and Quarto in RStudio to author scientific documents. The aim is to foster among researchers the adoption of open and reproducible practices while improving their project and data management skills. In particular, we will introduce the version control system Git, the remote repository GitHub, and the publishing framework Quarto. Quarto is the next generation of R Markdown for publishing dynamic documents with multi-lingual programming language support. These tools are becoming increasingly useful in ecology, as they allow the creation of reproducible documents —including text and analyses— while tracking changes in R and facilitating collaboration among multiple users.
+
+### Git
+
 Git (<https://git-scm.com/>) y GitHub ([https://github.com/](#0){.uri}) están ganando cada vez más importancia en diversos campos de estudio a medida que el volumen de datos aumenta y los análisis se hacen más complejos. Aprenderemos cómo Git puede usarse para controlar la trazabilidad de los cambios realizados en proyectos o archivos y veremos cómo este control de versiones es especialmente útil en proyectos colaborativos mediante el uso de un servidor de alojamiento en línea como GitHub.
 
 Aunque existen multitud de manuales disponibles gratuitamente sobre cómo utilizar Git y GitHub, estas herramientas son complejas. El propósito original de Git era ayudar a grupos de desarrolladores informáticos a trabajar en colaboración en grandes proyectos de software, por lo que puede resultar enrevesado, hay múltiples soluciones para el mismo problema y tiene una curva de aprendizaje pronunciada. Sin embargo, Git y GitHub nos pueden ayudar a solucionar algunos problemas comunes derivados de la creación de diferentes versiones que pueden ser un poco molestos: