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Author: elequintero

AEET_2025/images/hello_quarto.png

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+title: "Untitled"
+format: html
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+## Quarto
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+### Qué es Quarto
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+Quarto es un sistema de publicación de documentos dinámicos que permite crear informes, libros, manuscrtos, presentaciones y sitios web. Es una herramienta muy versátil que soporta múltiples lenguajes de programación (R, Python, Julia, etc.) y formatos de salida (HTML, PDF, Word, etc.). Quarto se basa en R Markdown pero ofrece una serie de mejoras y nuevas funcionalidades que lo hacen más potente y flexible.
+
+![Figura de jthomasmock.github.io/quarto-2hr-webinar](images/qmd-universe.png)
+
+### Por qué usar Quarto
+
+Quarto es una herramienta ideal para la creación de *documentos científicos reproducibles* y *colaborativos*. Permite integrar código, texto y resultados en un **único documento**, facilitando la creación de informes y publicaciones científicas. Además, Quarto es **compatible con Git y GitHub**, lo que permite llevar un control de versiones de los documentos y colaborar con otros usuarios de manera eficiente. Se puede usar en diferentes workspaces (p.ej. Rstudio, Jupiter) y tiene una interfaz para la edicion visual en Rstudio.
+
+![](images/visual-editing-toolbar.png)
+
+![](images/visual-rstudio.png)
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+### Breve historia: evolución desde R Markdown
+
+Quarto (<https://quarto.org/>) comenzó como un proyecto de código abierto en 2021 por parte de Posit Software (anteriormente RStudio) y se basa en la experiencia adquirida de 10 años con R Markdown. Quarto funciona como un sistema de publicación científica y técnica de código abierto construido sobre Pandoc (<https://pandoc.org>). Convierte los formatos de texto plano (p.ej ``` .md,``.Rmd ```) o los formatos mixtos (p. ej. `.ipynb`) en informes estáticos y más. Puede entrelazar texto narrativo y código para producir resultados con un formato elegante en forma de documentos, páginas web, entradas de blog, libros, etc.
+
+La extensión de Quarto es `.qmd` y utiliza filtros Lua que es el lenguaje de extensión de Pandoc (<https://quarto.org/docs/extensions/lua.html>). Para ello, Quarto utiliza un *engine* como `knitr` para ejecutar el código y generar una salida temporal `.md`. El archivo `.md` se procesa mediante Pandoc y los filtros Lua de Quarto + Bootstrap CSS para HTML o LaTeX para PDF. Lua filters written by R/Python/Julia developers should be interchangeable between formats - typically not language specific.
+
+![Diagrama de funcionamiento de Quarto. Figura de jthomasmock.github.io/quarto-2hr-webinar](images/qmd-knitr.jpeg)
+
+### Instalación de Quarto
+
+Quarto viene instalado con las ultimas versiones de Rstudio (v2022.07 y posterior). No obstante, si se quiere utilizar tambien en otras interfaces se pueden seguir las instrucciones de instalacion en la página oficial: <https://quarto.org/docs/get-started/>.
+
+Para usar Quarto desde R, hay que tener instalado rmarkdown:
+
+``` r
+#|eval: false
+install.packages("rmarkdown")
+```
+
+Tambien se puede verificar la instalación de Quarto y su localizacion con el siguiente comando:
+
+``` r
+#|eval: false
+quarto::quarto_path()
+```
+
+### Diferencias clave entre R Markdown y Quarto
+
+La diferencia principal de Quarto respecto a R Markdown es que se ha generado para la colaboración de más de una comunidad (es decir, no solo usuarios de R o Python) y utiliza una sintaxis y formato compartido entre distintos lenguajes. Además, a medida que se añadían más capacidades a R Markdown a través de paquetes externos de R, la sintaxis para las tareas básicas se volvía incoherente. Algunas diferencias entre Quarto y R Markdown en cuanto al código:
+
+-   **YAML structure -** both follow `key: value` but Quarto is more flexible and nested
+
+-   **code chunk header syntax -** `#|` sintaxis *(hash pipe)*. Esta es la sintaxis preferida de Quarto, aunque es compatible con la sintaxis anterior de R Markdown. El *hash pipe* le añade más consistencia entre los *engine* (Jupyter, knitr) y nos da más control sobre el orden o espacio de las opciones del chunk (no está limitado a una línea de opciones). Each `#|` line is interpreted as a `key: value` pair.
+
+-   Tabulación enriquecida: inicias una palabra y tabulas para completar o `Ctrl + espacio` para ver todas las opciones disponibles.
+
+```{r}
+#| echo: true
+2 * 2
+```
+
+### ¿Por qué utilizar Quarto en lugar de R Markdown?
+
+-   Sintaxis compartida (elige tu propio editor y lenguaje preferido)
+
+-   Mayor versartilidad
+
+-   Mejores características y más mejoras en el futuro (R Markdown todavía se mantiene, pero la mayoría de las nuevas características serán incorporadas en Quarto)
+
+### ¿Qué hago con mi `.Rmd` o `.ipynb` existentes?
+
+¡No pasa nada! La mayoría de los `.Rmd` o `.ipynb` existentes se pueden convertir `as-is` a través de Quarto. Para hacerlo a través de la línea de comandos de la terminal se escribe:
+
+`quarto render archivo.Rmd --to html`
+
+Además existen distintas opciones para convertir archivos `.Rmd` a `.qmd`:
+
+1.  Cambiar `.Rmd` a `.qmd` (esto siempre usará Quarto para la renderización)
+
+2.  Cambiar la salida YAML: `html_document` a `format: html`
+
+3.  `knitr::convert_chunk_header("archivo.Rmd", "archivo.qmd")`
+
+No tienes que convertir la sintaxis de todos tus documentos antiguos. Quarto es compatible con versiones anteriores de R Markdown.
+
+### Inicio Quarto
+
+![](images/hello_quarto.png)
+
+### Crear un documento Quarto
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+Para crear un documento Quarto en RStudio, se pueden seguir estos pasos:
+
+1.  En RStudio, ve a *File* -\> *New File* -\> *Quarto Document*.
+
+2.  Se abrirá una ventana donde podrás elegir el tipo de documento que quieres crear (por ejemplo, un informe, una presentación, etc.). Selecciona el tipo de documento que desees y haz clic en *OK*.
+
+3.  Se generará un archivo con la extensión *.qmd* (Quarto Markdown) que contiene una estructura básica del documento.
+
+## Enlaces de interés
+
+**Quarto**
+
+-   [Quarto](https://quarto.org)
+
+-   [Quarto workshop](https://www.youtube.com/watch?v=yvi5uXQMvu4)
+
+-   [What is Quarto? RStudio rolls out next-generation R Markdown](https://www.infoworld.com/article/3666743/what-is-quarto-rstudio-quietly-rolls-out-next-generation-r-markdown.html)
+
+-   [How to create Word docs from R or Python with Quarto](https://www.infoworld.com/article/3671668/how-to-create-word-docs-from-r-or-python-with-quarto.html)
+
+-   [Install TinyTeX to create PDF reports](https://yihui.org/tinytex/)

AEET_2025/images/qmd-knitr.jpeg

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+title: "Introduccion a Quarto"
+format: html
+---
+
+Improving scientific workflows with reproducible and collaborative projects in R
+
+Format: The workshop includes a mix of theoretical explanations and practical exercises.
+Duration: 4 hours
+Facilitators: Elena Quintero (Universidad de Sevilla), Guillermo Fandos (Universidad Complutense de Madrid) and Verónica Cruz Alonso (Universidad de Alcalá)
+Group Size: Maximum 30 participants
+Requirements: Bring a laptop with R, RStudio and Git installed and updated. Have an account in GitHub. Internet connection.
+Outcome: Participants will understand Git and its interaction with RStudio and will be able to create Quarto files with version control.
+
+Taller: Iniciación a Quarto en RStudio
+
+🎯 Objetivo
+Al finalizar este taller, los participantes serán capaces de:
+
+Crear documentos .qmd en RStudio.
+Generar informes reproducibles en HTML, PDF y Word.
+Crear presentaciones con Quarto.
+Integrar código R en documentos de texto.
+
+🕒 Duración sugerida: 2 horas
+
+🧑‍🏫 Público objetivo
+
+Usuarios con conocimientos básicos de R y RStudio. No se requiere experiencia previa con Quarto o R Markdown.
+
+🗂️ Contenidos
+
+1. ¿Qué es Quarto? (10 min)
+Breve historia: evolución desde R Markdown.
+Por qué usar Quarto: reproducibilidad, integración con R y Python, múltiples formatos de salida.
+Diferencias clave entre R Markdown y Quarto.
+
+2. Instalación y configuración (10 min)
+Instalar Quarto: https://quarto.org/docs/get-started/
+Verificar instalación:
+quarto::quarto_path()
+
+Crear un nuevo proyecto Quarto en RStudio.
+
+3. Estructura de un archivo .qmd (20 min)
+Encabezado YAML:
+---
+title: "Mi primer informe"
+author: "Nombre"
+format: html
+---
+
+Texto en Markdown.
+Bloques de código (R):
+```{r}
+summary(cars)
+```
+Renderizado (Render o Ctrl+Shift+K).
+
+4. Tipos de salida (15 min)
+
+HTML:
+format: html
+Word:
+format: docx
+PDF:
+format: pdf
+Nota: para PDF se requiere tener LaTeX instalado (recomendar TinyTeX).
+
+5. Creación de gráficos y tablas (15 min)
+Gráficos con ggplot2:
+library(ggplot2)
+ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point()
+Tablas con knitr::kable() o gt.
+
+6. Opciones de bloques y control de ejecución (15 min)
+Opciones comunes:
+eval, include, echo.
+Uso de params para informes parametrizados.
+
+7. Presentaciones (15 min)
+Formato Reveal.js:
+format: revealjs
+Separación de diapositivas: ##
+Insertar gráficos y código.
+
+8. Interactividad básica (10 min)
+Uso de quarto con shiny o htmlwidgets.
+Insertar tablas interactivas con DT.
+
+9. Buenas prácticas y recursos (10 min)
+Organización de proyectos (_quarto.yml).
+Reutilización de estilos y plantillas.
+
+Recursos útiles:
+https://quarto.org
+RStudio cheatsheets
+📁 Materiales para entregar
+
+RStudio project de ejemplo.
+Archivos .qmd para HTML, PDF, presentación.
+Documento resumen con comandos y tips.
+🧪 Actividad práctica sugerida
+
+Crear un informe HTML con:
+Título y autor.
+Un bloque de texto con resumen de datos (summary()).
+Un gráfico de dispersión (ggplot2).
+Exportar a Word y PDF.