Command.md

Lamarck       2025-8-26

该文档用于记录ChimeraX的常用指令、功能

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01 查看ChimeraX的工作目录

pwd

02 打开工作目录中的某个pdb文件

open asu.pdb

03 关闭某个结构文件

close #1  #关闭单个文件
close all  #关闭全部文件

05 导出选中的结构

save asu.pdb selectedOnly true

06 选中某条链的残基

select #1/A:100-200  #选中连续的残基
select #1/A:100,150,200  #选中离散的残基
select ~sel  #反选残基

08 按链拆分某个模型

split #1

09 删除某个氨基酸，从而实现链的断开

delete #1/C: 72  #删掉单个残基
delete #1/C: 72-78  #删除离散残基

10 寻找邻近的残基

select zone #1/C:260-268 5  #选中距离目标片段距离在5埃内的残基

11 把model1和model2叠在一起（看结构上的突变、差异）（log里面会自动把RMSD计算出来）

mm #3 to #1

12 连续选中残基

按住Ctrl+Shift，左键

13 自动选中复合物的相互作用位点

Molecule Dispaly导航栏中点Interfaces，在右下角无向图中左键某条线，选择Select contact residues of xx and xx

14 把结构导出为png并设置透明背景

save output.png transparentBackground true

15 手动设置选中片段的颜色

选中结构后，导航栏依次点: Actions-color

16 处理T3中的ASU -- 给链命名，从1开始标号

# 当前pdb有三条链，但是编号是: /A 1-245, /B 246-440, /B 442-637
# 需要改造成: /A 1-245, /B 1-195, /C 1-196

select #1/A:1-245
save A_chain.pdb selectedOnly true
select #1/B:246-440
save B_chain.pdb selectedOnly true
select #1/B:442-637
save C_chain.pdb selectedOnly true

close #1
open A_chain.pdb
open B_chain.pdb
open C_chain.pdb

changechains #1 A
changechains #2 B
changechains #3 C

combine #1-3 name ABC
save ABC.pdb model #4
close #1-4

open ABC.pdb
renumber #1 start 1 relative false
save ABC.pdb model #1

17 调整选中部分的透明度

transparency sel 60 target ac