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BioInfo Wiki Agent Guide

1. Source of truth

长期规范：openspec/specs/
运行时摘要：本文件、CLAUDE.md、.github/copilot-instructions.md
发生冲突时，以 OpenSpec 为准

2. Project snapshot

项目：面向中文社区的生物信息学体系化知识库
技术栈：Astro 6.x + Starlight + TypeScript + KaTeX
部署：GitHub Pages https://lessup.github.io/wiki-bioinfo/
结构边界：维持现有 6 个顶层入口，不重做顶层信息架构

3. Closeout-first rules

优先做减法和收敛，不是继续堆叠工程化设计
优先修复真实不一致：规范漂移、过时文档、低价值 workflow、目录混乱、无意义增强
允许删除、合并、下线低价值或误导性资产
不在面向读者的文档中强调“项目即将归档”，但内部治理按低维护目标设计

4. Content rules

中文优先，术语首次出现使用“中文（English, 缩写）”
先讲问题和动机，不写成工具操作手册
docs 目录治理采用：保留 / 重写 / 合并 / 下线 / 延后不动
首页和 intro/ 是优先治理入口
英文内容如果未维护，就不要保留“名义关闭、实际启用”的状态

5. Engineering rules

站点单源配置：astro.config.mjs
修改文档、配置、组件、workflow 后运行：npm run check
只保留高信号 CI/CD；默认避免低 ROI 自动化
覆盖层和样式做减法，避免保留纯装饰性复杂逻辑

6. AI workflow

结构性改动先走 OpenSpec：/opsx:propose → /opsx:apply → /opsx:archive
关键里程碑使用 /review
subagent 用于批量审计和高噪音检查
默认不常态化使用 /fleet
Copilot 回复默认使用中文；项目级规则见 .github/copilot-instructions.md

7. Closeout Status

项目已进入收尾阶段，核心功能稳定
维护原则：closeout-first（收敛优先）
后续维护：低频更新，以内容修正为主
BMAD skills 已移除，仅保留 4 个 OpenSpec skills

Agent skills

Issue tracker

GitHub Issues (gh CLI). See docs/agents/issue-tracker.md.

Triage labels

Default vocabulary: needs-triage, needs-info, ready-for-agent, ready-for-human, wontfix. See docs/agents/triage-labels.md.

Domain docs

Single-context: CONTEXT.md and docs/adr/ at repo root. See docs/agents/domain.md.

Architecture docs

CONTEXT.md — 架构术语、领域概念、架构决策记录
docs/architecture/sync-points.md — 同步点清单，记录需要手动同步的关键位置