Персистентность журнала транзакций и реактивация сессий

- Журнал undo/redo теперь сохраняется в JSON формате (journal.json) с использованием Jackson.
- Сохранение журнала выполняется синхронно после каждой операции (commit, undo, redo), исправляя проблему потери данных при завершении JVM.
- Пути к файлам в журнале хранятся относительно project root для портируемости.
- Снапшоты хранятся только по имени файла (uuid.bak), путь восстанавливается из sessionId.
- SessionContext.getOrCreate() автоматически проверяет существование сессии на диске и реактивирует её с загрузкой журнала.
- InitTool поддерживает режим реактивации при передаче существующего sessionId.
- TodoTool расширен новыми действиями: add, close, list, reopen.
- Обновление README.md с документацией реактивации сессий.

Author: Nefrols

README.md

@@ -251,6 +251,12 @@ Each tool in NTS is designed as part of an **interconnected discipline system**.
 
 **Discipline role:** Everything the agent does is tracked. There's no "anonymous" editing. If something breaks, the session journal knows exactly what happened and when.
 
+**Session Reactivation:** If the server restarts or connection drops, the session can be reactivated:
+```json
+{ "sessionId": "your-previous-uuid" }
+```
+This restores the session directory with todos and file history. In-memory state (tokens, undo stack) starts fresh, but disk-persisted data is preserved.
+
 **Connection:** All other tools require `sessionId`. This isn't bureaucracy — it's **traceability**.
 
 ---
@@ -820,6 +826,12 @@ NTS меняет микро-эффективность на макро-надё
 
 **Роль в дисциплине:** Всё, что делает агент, отслеживается. Нет «анонимного» редактирования. Если что-то сломается — журнал сессии знает, что именно произошло и когда.
 
+**Реактивация сессии:** Если сервер перезапустился или соединение прервалось, сессию можно реактивировать:
+```json
+{ "sessionId": "ваш-предыдущий-uuid" }
+```
+Это восстанавливает директорию сессии с todos и историей файлов. Состояние в памяти (токены, стек undo) начинается с чистого листа, но данные на диске сохраняются.
+
 **Связь:** Все остальные инструменты требуют `sessionId`. Это не бюрократия — это **прослеживаемость**.
 
 ---

app/src/main/java/ru/nts/tools/mcp/McpServer.java

@@ -579,10 +579,25 @@ private static void processMessageInternal(String message) {
                                     "in the 'sessionId' parameter for all subsequent requests.");
                             }
                             if (!isValidSession(sessionId)) {
-                                throw new IllegalStateException(
-                                    "INVALID_SESSION: Session ID '" + sessionId + "' is not recognized. " +
-                                    "The session may have expired or never existed. " +
-                                    "Call nts_init to create a new session.");
+                                // Проверяем, существует ли сессия на диске (может быть реактивирована)
+                                if (SessionContext.existsOnDisk(sessionId)) {
+                                    SessionContext.SessionMetadata meta = SessionContext.getSessionMetadata(sessionId);
+                                    String createdInfo = meta != null && meta.createdAt() != null
+                                        ? " (created: " + meta.createdAt() + ")"
+                                        : "";
+                                    throw new IllegalStateException(
+                                        "SESSION_INACTIVE: Session '" + sessionId + "' exists but is not active" + createdInfo + ".\n" +
+                                        "The server may have restarted since your last interaction.\n\n" +
+                                        "[ACTION REQUIRED: Reactivate the session by calling:]\n" +
+                                        "nts_init(sessionId=\"" + sessionId + "\")\n\n" +
+                                        "This will restore your session with preserved todos and file history.\n" +
+                                        "Note: In-memory state (access tokens, undo stack) will start fresh.");
+                                } else {
+                                    throw new IllegalStateException(
+                                        "INVALID_SESSION: Session ID '" + sessionId + "' is not recognized. " +
+                                        "The session may have been deleted or the ID is incorrect. " +
+                                        "Call nts_init() to create a new session.");
+                                }
                             }
                         }
 
@@ -592,7 +607,13 @@ private static void processMessageInternal(String message) {
                             ctx.setCurrentToolName(toolName);
                         }
                         try {
-                            response.set("result", router.callTool(toolName, params));
+                            JsonNode toolResult = router.callTool(toolName, params);
+                            response.set("result", toolResult);
+
+                            // Обновляем активность сессии после успешного вызова
+                            if (ctx != null && !"default".equals(ctx.getSessionId())) {
+                                ctx.touchActivity();
+                            }
                         } finally {
                             if (ctx != null) {
                                 ctx.setCurrentToolName(null);

app/src/main/java/ru/nts/tools/mcp/core/McpTool.java

@@ -28,9 +28,9 @@
 public interface McpTool {
 
     /**
-     * Таймаут по умолчанию для выполнения инструментов (30 секунд).
+     * Таймаут по умолчанию для выполнения инструментов (5 минут).
      */
-    int DEFAULT_TIMEOUT_SECONDS = 30;
+    int DEFAULT_TIMEOUT_SECONDS = 300;
 
     /**
      * Инструменты, исключённые из глобального таймаута.

app/src/main/java/ru/nts/tools/mcp/core/NtsTokenException.java

@@ -87,8 +87,8 @@ public static NtsTokenException externalChange(Path path) {
     }
 
     private static String truncateToken(String token) {
+        // Показываем полный токен - LLM должна видеть какой именно токен не сработал
         if (token == null) return "null";
-        if (token.length() <= 20) return token;
-        return token.substring(0, 10) + "..." + token.substring(token.length() - 10);
+        return token;
     }
 }

app/src/main/java/ru/nts/tools/mcp/core/SessionContext.java

@@ -15,6 +15,10 @@
  */
 package ru.nts.tools.mcp.core;
 
+import java.io.IOException;
+import java.nio.file.Files;
+import java.nio.file.Path;
+import java.time.Instant;
 import java.util.Map;
 import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
 
@@ -54,30 +58,73 @@ public class SessionContext {
     // Текущий вызываемый инструмент (для диагностики)
     private volatile String currentToolName;
 
+    // Время создания сессии
+    private final Instant createdAt;
+
+    // Время последней активности
+    private volatile Instant lastActivityAt;
+
+    // Имя файла метаданных сессии
+    private static final String SESSION_METADATA_FILE = "session.meta";
+
     /**
      * Создает новый контекст сессии.
      */
     private SessionContext(String sessionId) {
         this.sessionId = sessionId;
-        this.transactionManager = new SessionTransactionManager();
+        this.transactionManager = new SessionTransactionManager(sessionId);
+        this.lineAccessTracker = new SessionLineAccessTracker();
+        this.searchTracker = new SessionSearchTracker();
+        this.fileLineageTracker = new FileLineageTracker();
+        this.externalChangeTracker = new ExternalChangeTracker();
+        this.createdAt = Instant.now();
+        this.lastActivityAt = this.createdAt;
+    }
+
+    /**
+     * Создает контекст сессии с восстановленными временными метками.
+     * Используется при реактивации существующей сессии.
+     */
+    private SessionContext(String sessionId, Instant createdAt) {
+        this.sessionId = sessionId;
+        this.transactionManager = new SessionTransactionManager(sessionId);
         this.lineAccessTracker = new SessionLineAccessTracker();
         this.searchTracker = new SessionSearchTracker();
         this.fileLineageTracker = new FileLineageTracker();
         this.externalChangeTracker = new ExternalChangeTracker();
+        this.createdAt = createdAt;
+        this.lastActivityAt = Instant.now();
     }
 
     // ==================== Static API ====================
 
     /**
      * Получает или создает контекст для указанной сессии.
      * Если sessionId == null или пустой, используется "default" сессия.
-     * Это критично для совместимости с клиентами, не передающими sessionId.
+     * Если сессия существует на диске, но не в памяти — реактивирует её.
      */
     public static SessionContext getOrCreate(String sessionId) {
         if (sessionId == null || sessionId.isBlank()) {
             sessionId = "default";
         }
-        return sessions.computeIfAbsent(sessionId, SessionContext::new);
+        String id = sessionId;
+        return sessions.computeIfAbsent(id, key -> {
+            // Проверяем, существует ли сессия на диске
+            if (existsOnDisk(key)) {
+                // Реактивируем без добавления в map (computeIfAbsent сам добавит)
+                SessionMetadata meta = getSessionMetadata(key);
+                if (meta != null) {
+                    SessionContext ctx = new SessionContext(key, meta.createdAt());
+                    ctx.transactionManager.loadJournal();
+                    if (meta.activeTodoFile() != null) {
+                        ctx.setActiveTodoFile(meta.activeTodoFile());
+                    }
+                    return ctx;
+                }
+            }
+            // Создаём новый контекст
+            return new SessionContext(key);
+        });
     }
 
     /**
@@ -146,6 +193,104 @@ public static int getActiveSessionCount() {
         return sessions.size();
     }
 
+    /**
+     * Проверяет, существует ли сессия на диске (была создана ранее).
+     * Это позволяет определить, можно ли реактивировать сессию после перезапуска сервера.
+     *
+     * @param sessionId ID сессии для проверки
+     * @return true если директория сессии существует на диске
+     */
+    public static boolean existsOnDisk(String sessionId) {
+        if (sessionId == null || sessionId.isBlank() || "default".equals(sessionId)) {
+            return false;
+        }
+        Path sessionDir = PathSanitizer.getRoot().resolve(".nts/sessions/" + sessionId);
+        Path metaFile = sessionDir.resolve(SESSION_METADATA_FILE);
+        return Files.exists(metaFile);
+    }
+
+    /**
+     * Возвращает информацию о сессии на диске.
+     *
+     * @param sessionId ID сессии
+     * @return информация о сессии или null если не найдена
+     */
+    public static SessionMetadata getSessionMetadata(String sessionId) {
+        if (sessionId == null || sessionId.isBlank()) {
+            return null;
+        }
+        Path sessionDir = PathSanitizer.getRoot().resolve(".nts/sessions/" + sessionId);
+        Path metaFile = sessionDir.resolve(SESSION_METADATA_FILE);
+
+        if (!Files.exists(metaFile)) {
+            return null;
+        }
+
+        try {
+            String content = Files.readString(metaFile);
+            String[] lines = content.split("\n");
+            Instant created = null;
+            Instant lastActivity = null;
+            String activeTodo = null;
+
+            for (String line : lines) {
+                if (line.startsWith("created=")) {
+                    created = Instant.parse(line.substring(8));
+                } else if (line.startsWith("lastActivity=")) {
+                    lastActivity = Instant.parse(line.substring(13));
+                } else if (line.startsWith("activeTodo=")) {
+                    activeTodo = line.substring(11);
+                }
+            }
+
+            return new SessionMetadata(sessionId, created, lastActivity, activeTodo);
+        } catch (Exception e) {
+            return null;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * Реактивирует существующую сессию из директории на диске.
+     * Восстанавливает контекст сессии и журнал транзакций (undo/redo стеки).
+     * Токены доступа к файлам начинаются с чистого состояния.
+     *
+     * @param sessionId ID сессии для реактивации
+     * @return восстановленный контекст сессии
+     * @throws IllegalArgumentException если сессия не найдена на диске
+     */
+    public static SessionContext reactivateSession(String sessionId) {
+        SessionMetadata meta = getSessionMetadata(sessionId);
+        if (meta == null) {
+            throw new IllegalArgumentException("Session not found on disk: " + sessionId);
+        }
+
+        // Создаём контекст с восстановленным временем создания
+        SessionContext ctx = new SessionContext(sessionId, meta.createdAt());
+        sessions.put(sessionId, ctx);
+
+        // Восстанавливаем журнал транзакций (undo/redo стеки)
+        ctx.transactionManager.loadJournal();
+
+        // Восстанавливаем активный TODO
+        if (meta.activeTodoFile() != null) {
+            ctx.setActiveTodoFile(meta.activeTodoFile());
+        }
+
+        return ctx;
+    }
+
+    /**
+     * Проверяет, активна ли сессия в памяти.
+     */
+    public static boolean isActiveInMemory(String sessionId) {
+        return sessions.containsKey(sessionId);
+    }
+
+    /**
+     * Метаданные сессии для хранения на диске.
+     */
+    public record SessionMetadata(String sessionId, Instant createdAt, Instant lastActivityAt, String activeTodoFile) {}
+
     // ==================== Instance API ====================
 
     public String getSessionId() {
@@ -178,6 +323,8 @@ public String getActiveTodoFile() {
 
     public void setActiveTodoFile(String fileName) {
         this.activeTodoFile = fileName;
+        // Сохраняем метаданные для персистентности TODO между сессиями
+        saveMetadata();
     }
 
     /**
@@ -216,6 +363,56 @@ public java.nio.file.Path getSnapshotsDir() {
         return getSessionDir().resolve("snapshots");
     }
 
+    /**
+     * Возвращает время создания сессии.
+     */
+    public Instant getCreatedAt() {
+        return createdAt;
+    }
+
+    /**
+     * Возвращает время последней активности.
+     */
+    public Instant getLastActivityAt() {
+        return lastActivityAt;
+    }
+
+    /**
+     * Обновляет время последней активности.
+     * Вызывается автоматически при каждом вызове инструмента.
+     */
+    public void touchActivity() {
+        this.lastActivityAt = Instant.now();
+        // Синхронно сохраняем метаданные для надёжности при перезапусках
+        saveMetadata();
+    }
+
+    /**
+     * Сохраняет метаданные сессии на диск.
+     * Вызывается при создании сессии и при обновлении активности.
+     */
+    public void saveMetadata() {
+        if ("default".equals(sessionId)) {
+            return; // default сессия не сохраняется
+        }
+
+        Path metaFile = getSessionDir().resolve(SESSION_METADATA_FILE);
+        try {
+            Files.createDirectories(metaFile.getParent());
+            StringBuilder content = new StringBuilder();
+            content.append("sessionId=").append(sessionId).append("\n");
+            content.append("created=").append(createdAt).append("\n");
+            content.append("lastActivity=").append(lastActivityAt).append("\n");
+            if (activeTodoFile != null) {
+                content.append("activeTodo=").append(activeTodoFile).append("\n");
+            }
+            Files.writeString(metaFile, content.toString());
+        } catch (IOException e) {
+            // Логируем, но не прерываем операцию
+            System.err.println("Warning: Failed to save session metadata: " + e.getMessage());
+        }
+    }
+
     /**
      * Очистка ресурсов сессии.
      */

app/src/main/java/ru/nts/tools/mcp/core/SessionLineAccessTracker.java

@@ -554,11 +554,9 @@ public String getTokenStatusForLLM(Path path, int requestedStart, int requestedE
         for (LineAccessToken t : fileTokens) {
             sb.append("  • lines ").append(t.startLine()).append("-").append(t.endLine());
 
-            // Показываем короткий ID токена (первые 8 символов после LAT:)
+            // Показываем ПОЛНЫЙ токен - LLM нужен полный токен для использования!
             String encoded = t.encode();
-            if (encoded.startsWith("LAT:") && encoded.length() > 12) {
-                sb.append(": ").append(encoded.substring(0, 12)).append("...");
-            }
+            sb.append(": ").append(encoded);
 
             // Пометка если этот токен покрывает запрошенный диапазон
             if (requestedStart > 0 && requestedEnd > 0 && t.covers(requestedStart, requestedEnd)) {