docs: update API documentation structure

- Install mkdocstrings-python for richer API docs generation
- Update zensical dependency version in pyproject.toml
- Reorganize docs navigation to include dedicated API section
- Fix broken internal links by updating reference paths from /api/index.md# to /api/#
- Add Python handler configuration for mkdocstrings in zensical.toml

Closes #52

Author: RicardoRyn

.github/workflows/docs.yml

@@ -21,7 +21,7 @@ jobs:
       - uses: actions/setup-python@v5
         with:
           python-version: 3.x
-      - run: pip install zensical
+      - run: pip install zensical mkdocstrings-python
       - run: zensical build --clean
       - uses: actions/upload-pages-artifact@v4
         with:

docs/api/index.md

@@ -1,11 +1,6 @@
 # API
 
 ::: plotfig.bar
-    options:
-        members:
-            - plot_one_group_bar_figure
-            - plot_one_group_violin_figure
-            - plot_multi_group_bar_figure
 
 ::: plotfig.correlation
 

docs/usage/brain_connectivity.md

@@ -3,6 +3,9 @@
 透明的大脑图，可以展示脑区间的连接关系。
 需要准备左右半脑的surface文件、脑区相关的nii.gz文件以及连接矩阵。
 
+## 快速出图
+
+全部参数见 [`plot_brain_connection_figure`](../api/#plotfig.brain_connection.plot_brain_connection_figure) 的 API 文档。
 
 ```python
 from plotfig import plot_brain_connection_figure, gen_symmetric_matrix

docs/usage/brain_surface.md

@@ -163,7 +163,7 @@ ax6 = plot_brain_surface_figure(plot_data, species="macaque", atlas="charm5", su
 
 ## 更多设置
 
-全部参数见 [`plot_brain_surface_figure`](../api/index.md/#plotfig.brain_surface.plot_brain_surface_figure) 的 API 文档。
+全部参数见 [`plot_brain_surface_figure`](../api/#plotfig.brain_surface.plot_brain_surface_figure) 的 API 文档。
 
 
 ```python

docs/usage/circos.md

@@ -28,7 +28,7 @@ fig = plot_circos_figure(connectome)
 
 ## 参数设置
 
-全部参数见[`plot_circos_figure`](../api/index.md/#plotfig.circos.plot_circos_figure)的 API 文档。
+全部参数见[`plot_circos_figure`](../api/#plotfig.circos.plot_circos_figure)的 API 文档。
 
 
 ```python

docs/usage/correlation.md

@@ -73,7 +73,7 @@ cb = fig.colorbar(hb, ax=ax2, label='counts')
 
 ## 参数设置
 
-全部参数见[`plot_correlation_figure`](../api/index.md/#plotfig.correlation)的 API 文档。
+全部参数见[`plot_correlation_figure`](../api/#plotfig.correlation)的 API 文档。
 
 
 ```python

docs/usage/matrix.md

@@ -27,7 +27,7 @@ ax = plot_matrix_figure(data)
 
 ## 参数设置
 
-全部参数见[`plot_matrix_figure`](../api/index.md/#plotfig.matrix.plot_matrix_figure)的 API 文档。
+全部参数见[`plot_matrix_figure`](../api/#plotfig.matrix.plot_matrix_figure)的 API 文档。
 
 
 ```python

docs/usage/multi_groups.md

@@ -41,7 +41,7 @@ ax = plot_multi_group_bar_figure([[group1_bar1, group1_bar2, group1_bar3], [grou
 与单组柱状图类似，多组柱状图也提供了大量可调节的参数，用于灵活控制图像的外观。  
 本节仅展示其中的一部分参数。
 
-完整参数列表请参见 [`plot_multi_group_bar_figure`](../api/index.md/#plotfig.bar.plot_multi_group_bar_figure) 的 API 文档。
+完整参数列表请参见 [`plot_multi_group_bar_figure`](../api/#plotfig.bar.plot_multi_group_bar_figure) 的 API 文档。
 
 
 ```python

docs/usage/single_group.md

@@ -97,7 +97,7 @@ ax4 = plot_one_group_bar_figure([ax4_bar1, ax4_bar2], ax=axes[1,1], labels_name=
 `plotfig` 提供了丰富的选项用于自定义图形样式。
 下面展示的是 `plot_one_group_bar_figure` 函数中部分常用参数的示例用法。
 
-完整参数说明请参阅 [`plot_one_group_bar_figure`](../api/index.md/#plotfig.bar.plot_one_group_bar_figure) 的 API 文档。
+完整参数说明请参阅 [`plot_one_group_bar_figure`](../api/#plotfig.bar.plot_one_group_bar_figure) 的 API 文档。
 
 
 ```python
@@ -641,7 +641,7 @@ ax = plot_one_group_bar_figure(
 在 plotfig 中，绘制小提琴图的函数名为 `plot_one_group_violin_figure`。
 其大部分参数与 `plot_one_group_bar_figure` 相似，以下是部分演示。
 
-完整参数说明请参阅 [`plot_one_group_violin_figure`](../api/index.md/#plotfig.bar.plot_one_group_violin_figure) 的 API 文档。
+完整参数说明请参阅 [`plot_one_group_violin_figure`](../api/#plotfig.bar.plot_one_group_violin_figure) 的 API 文档。
 
 
 ```python

notebooks/brain_connectivity.ipynb

@@ -21,6 +21,22 @@
     "需要准备左右半脑的surface文件、脑区相关的nii.gz文件以及连接矩阵。"
    ]
   },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "id": "50276954",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "## 快速出图"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "id": "c80ec6bc",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "全部参数见 [`plot_brain_connection_figure`](../api/#plotfig.brain_connection.plot_brain_connection_figure) 的 API 文档。"
+   ]
+  },
   {
    "cell_type": "code",
    "execution_count": null,