refactor(types): replace Num type alias with explicit int | float

Author: RicardoRyn

.codegraph/.gitignore

@@ -0,0 +1,16 @@
+# CodeGraph data files
+# These are local to each machine and should not be committed
+
+# Database
+*.db
+*.db-wal
+*.db-shm
+
+# Cache
+cache/
+
+# Logs
+*.log
+
+# Hook markers
+.dirty

.deepseek/instructions.md

@@ -14,4 +14,4 @@ site/
 .vscode/
 notebooks/*
 tests/test.py
-.deepseek/*
+.codegraph/*

.gitignore

@@ -18,8 +18,6 @@
 
 warnings.filterwarnings("ignore", category=DeprecationWarning)
 
-Num = int | float
-
 __all__ = [
     "plot_brain_connection_figure",
     "save_brain_connection_frames",
@@ -208,11 +206,11 @@ def plot_brain_connection_figure(
     niigz_file: str | Path,
     output_file: str | Path | None = None,
     show_all_nodes: bool = False,
-    nodes_size: Sequence[Num] | npt.NDArray | None = None,
+    nodes_size: Sequence[int | float] | npt.NDArray | None = None,
     nodes_name: list[str] | None = None,
     nodes_color: list[str] | None = None,
     scale_method: Literal["", "width", "color", "width_color", "color_width"] = "",
-    line_width: Num = 10,
+    line_width: int | float = 10,
     line_color: str = "red",
 ) -> go.Figure:
     """绘制大脑连接图，保存在指定的html文件中。
@@ -231,7 +229,7 @@ def plot_brain_connection_figure(
             输出HTML文件路径。如果未指定，则使用当前时间戳生成文件名。默认为None
         show_all_nodes (bool, optional):
             是否显示所有脑区节点。如果为False，则只显示有连接的节点。默认为False
-        nodes_size (Sequence[Num] | npt.NDArray | None, optional):
+        nodes_size (Sequence[int | float] | npt.NDArray | None, optional):
             每个节点的大小，长度应与脑区数量一致。默认为None，即所有节点大小为5
         nodes_name (list[str] | None, optional):
             每个节点的名称标签，长度应与脑区数量一致。默认为None，即不显示名称
@@ -244,7 +242,7 @@ def plot_brain_connection_figure(
             - "color" : 根据连接强度调整颜色(使用蓝白红颜色映射)，线宽固定
             - "width_color" or "color_width" : 同时根据连接强度调整线宽和颜色
             默认为 ""
-        line_width (Num, optional):
+        line_width (int | float, optional):
             连接线的基本宽度。当scale_method包含"width"时，此值作为最大宽度参考。默认为10
         line_color (str, optional):
             连接线的基本颜色。当scale_method不包含"color"时生效。默认为"#ff0000"(红色)

src/plotfig/brain_connection.py

@@ -13,16 +13,16 @@
 )
 from scipy import stats
 
-Num: TypeAlias = int | float | np.integer | np.floating
+
 StatsMethod: TypeAlias = Literal["spearman", "pearson"]
 AxisFormat: TypeAlias = Literal["normal", "sci", "1f", "percent"]
 
 __all__ = ["plot_correlation_figure"]
 
 
 def plot_correlation_figure(
-    data1: Sequence[Num] | np.ndarray,
-    data2: Sequence[Num] | np.ndarray,
+    data1: Sequence[float] | np.ndarray,
+    data2: Sequence[float] | np.ndarray,
     ax: Axes | None = None,
     stats_method: StatsMethod = "spearman",
     ci: bool = False,
@@ -53,15 +53,15 @@ def plot_correlation_figure(
     hexbin: bool = False,
     hexbin_cmap: Colormap | None = None,
     hexbin_gridsize: int = 50,
-    xlim: list[Num] | tuple[Num, Num] | None = None,
-    ylim: list[Num] | tuple[Num, Num] | None = None,
+    xlim: tuple[float, float] | None = None,
+    ylim: tuple[float, float] | None = None,
 ) -> Axes | PolyCollection:
     """
     绘制两个数据集之间的相关性图，支持线性回归、置信区间和统计方法（Spearman 或 Pearson）。
 
     Args:
-        data1 (Sequence[Num] | np.ndarray): 第一个数据集。
-        data2 (Sequence[Num] | np.ndarray): 第二个数据集。
+        data1 (Sequence[float] | np.ndarray): 第一个数据集。
+        data2 (Sequence[float] | np.ndarray): 第二个数据集。
         ax (Axes | None, optional): matplotlib 的 Axes 对象。默认为 None（使用当前 Axes）。
         stats_method (StatsMethod, optional): 相关性统计方法，支持 "spearman" 和 "pearson"。默认为 "spearman"。
         ci (bool, optional): 是否绘制置信区间带。默认为 False。
@@ -92,8 +92,8 @@ def plot_correlation_figure(
         hexbin (bool, optional): 是否使用六边形箱图。默认为 False。
         hexbin_cmap (Colormap | None, optional): 六边形箱图的颜色映射。默认为 None。
         hexbin_gridsize (int, optional): 六边形箱图网格大小。默认为 50。
-        xlim (list[Num] | tuple[Num, Num] | None, optional): X 轴范围限制。默认为 None。
-        ylim (list[Num] | tuple[Num, Num] | None, optional): Y 轴范围限制。默认为 None。
+        xlim (tuple[float, float] | None, optional): X 轴范围限制。默认为 None。
+        ylim (tuple[float, float] | None, optional): Y 轴范围限制。默认为 None。
 
     Returns:
         Axes | PolyCollection: 默认返回 Axes；当 hexbin=True 时返回 hexbin 对象。
@@ -103,13 +103,13 @@ def set_axis(
         ax: Axes,
         axis: Literal["x", "y"],
         label: str,
-        labelsize: Num,
-        ticksize: Num,
-        rotation: Num,
+        labelsize: float,
+        ticksize: float,
+        rotation: float,
         locator: float | None,
         max_tick_value: float | None,
         fmt: AxisFormat,
-        lim: list[Num] | tuple[Num, Num] | None,
+        lim: tuple[float, float] | None,
     ) -> None:
         if axis == "x":
             set_label = ax.set_xlabel
@@ -153,7 +153,7 @@ def set_axis(
     A = np.asarray(data1)
     B = np.asarray(data2)
 
-    slope, intercept, r_value, p_value, _ = stats.linregress(A, B)
+    slope, intercept, _, _, _ = stats.linregress(A, B)
     x_seq = np.linspace(A.min(), A.max(), 100)
     y_pred = slope * x_seq + intercept
 

src/plotfig/correlation.py

@@ -5,8 +5,6 @@
 from matplotlib.axes import Axes
 from mpl_toolkits.axes_grid1 import make_axes_locatable
 
-Num = int | float
-
 __all__ = ["plot_matrix_figure"]
 
 
@@ -16,21 +14,21 @@ def plot_matrix_figure(
     row_labels_name: Sequence[str] | None = None,
     col_labels_name: Sequence[str] | None = None,
     cmap: str = "bwr",
-    vmin: Num | None = None,
-    vmax: Num | None = None,
+    vmin: int | float | None = None,
+    vmax: int | float | None = None,
     aspect: str = "equal",
     colorbar: bool = True,
     colorbar_label_name: str = "",
-    colorbar_pad: Num = 0.1,
-    colorbar_label_fontsize: Num = 10,
-    colorbar_tick_fontsize: Num = 10,
-    colorbar_tick_rotation: Num = 0,
-    row_labels_fontsize: Num = 10,
-    col_labels_fontsize: Num = 10,
-    x_rotation: Num = 60,
+    colorbar_pad: int | float = 0.1,
+    colorbar_label_fontsize: int | float = 10,
+    colorbar_tick_fontsize: int | float = 10,
+    colorbar_tick_rotation: int | float = 0,
+    row_labels_fontsize: int | float = 10,
+    col_labels_fontsize: int | float = 10,
+    x_rotation: int | float = 60,
     title_name: str = "",
-    title_fontsize: Num = 15,
-    title_pad: Num = 20,
+    title_fontsize: int | float = 15,
+    title_pad: int | float = 20,
     diag_border: bool = False,
     xlabel: str | None = None,
     ylabel: str | None = None,
@@ -45,21 +43,21 @@ def plot_matrix_figure(
         row_labels_name (Sequence[str] | None): 行标签列表。
         col_labels_name (Sequence[str] | None): 列标签列表。
         cmap (str): 矩阵使用的颜色映射。
-        vmin (Num | None): 颜色缩放的最小值，默认使用 data.min()。
-        vmax (Num | None): 颜色缩放的最大值，默认使用 data.max()。
+        vmin (int | float | None): 颜色缩放的最小值，默认使用 data.min()。
+        vmax (int | float | None): 颜色缩放的最大值，默认使用 data.max()。
         aspect (str): 图像的纵横比，通常为 "equal" 或 "auto"。
         colorbar (bool): 是否显示颜色条。
         colorbar_label_name (str): 颜色条的标签。
-        colorbar_pad (Num): 颜色条与矩阵之间的间距。
-        colorbar_label_fontsize (Num): 颜色条标签的字体大小。
-        colorbar_tick_fontsize (Num): 颜色条刻度的字体大小。
-        colorbar_tick_rotation (Num): 颜色条刻度标签的旋转角度。
-        row_labels_fontsize (Num): 行标签的字体大小。
-        col_labels_fontsize (Num): 列标签的字体大小。
-        x_rotation (Num): x 轴（列）标签的旋转角度。
-        title_name (Num): 图表标题。
-        title_fontsize (Num): 标题的字体大小。
-        title_pad (Num): 标题上方的间距。
+        colorbar_pad (int | float): 颜色条与矩阵之间的间距。
+        colorbar_label_fontsize (int | float): 颜色条标签的字体大小。
+        colorbar_tick_fontsize (int | float): 颜色条刻度的字体大小。
+        colorbar_tick_rotation (int | float): 颜色条刻度标签的旋转角度。
+        row_labels_fontsize (int | float): 行标签的字体大小。
+        col_labels_fontsize (int | float): 列标签的字体大小。
+        x_rotation (int | float): x 轴（列）标签的旋转角度。
+        title_name (str): 图表标题。
+        title_fontsize (int | float): 标题的字体大小。
+        title_pad (int | float): 标题上方的间距。
         diag_border (bool): 是否绘制对角线单元格边框。
         xlabel (str | None): X轴的整体标签名称。
         ylabel (str | None): Y轴的整体标签名称。

src/plotfig/matrix.py

@@ -13,7 +13,6 @@
 
 warnings.simplefilter("always")
 
-Num = int | float | np.integer | np.floating
 
 __all__ = [
     "plot_multi_group_bar_figure",
@@ -72,14 +71,14 @@ def plot_multi_group_bar_figure(
     ax: Axes | None = None,
     group_labels: list[str] | None = None,
     bar_labels: list[str] | None = None,
-    bar_width: Num = 0.2,
-    bar_gap: Num = 0.1,
+    bar_width: float = 0.2,
+    bar_gap: float = 0.1,
     bar_color: list[str] | None = None,
     errorbar_type: str = "sd",
     dots_color: str = "gray",
     dots_size: int = 35,
     legend: bool = True,
-    legend_position: tuple[Num, Num] = (1.2, 1),
+    legend_position: tuple[float, float] = (1.2, 1),
     title_name: str = "",
     title_fontsize=12,
     title_pad=10,
@@ -95,7 +94,7 @@ def plot_multi_group_bar_figure(
     y_lim: tuple[float, float] | None = None,
     statistic: bool = False,
     test_method: str = "external",
-    p_list: Sequence[Sequence[Num]] | None = None,
+    p_list: Sequence[Sequence[float]] | None = None,
     line_color="0.5",
     asterisk_fontsize=10,
     asterisk_color="k",
@@ -120,14 +119,14 @@ def plot_multi_group_bar_figure(
         ax (Axes | None): matplotlib 的 Axes 对象。如果为 None，使用当前活动的 Axes。
         group_labels (list[str] | None): 每个组的标签。如果为 None，自动生成 "Group 1", "Group 2" 等。
         bar_labels (list[str] | None): 每个柱子的标签，用于图例。如果为 None，自动生成 "Bar 1", "Bar 2" 等。
-        bar_width (Num): 柱子的宽度。默认为 0.2。
-        bar_gap (Num): 同一组内柱子之间的间隔。默认为 0.1。
+        bar_width (float): 柱子的宽度。默认为 0.2。
+        bar_gap (float): 同一组内柱子之间的间隔。默认为 0.1。
         bar_color (list[str] | None): 每个柱子的颜色列表。如果为 None，所有柱子使用灰色。
         errorbar_type (str): 误差线类型，'sd' 表示标准差，'se' 表示标准误。默认为 'sd'。
         dots_color (str): 散点的颜色。默认为 'gray'。
         dots_size (int): 散点的大小。默认为 35。
         legend (bool): 是否显示图例。默认为 True。
-        legend_position (tuple[Num, Num]): 图例位置，使用 bbox_to_anchor 坐标。默认为 (1.2, 1)。
+        legend_position (tuple[float, float]): 图例位置，使用 bbox_to_anchor 坐标。默认为 (1.2, 1)。
         title_name (str): 图表标题。默认为空字符串。
         title_fontsize (int): 标题字体大小。默认为 12。
         title_pad (int): 标题与图表的间距。默认为 10。
@@ -144,7 +143,7 @@ def plot_multi_group_bar_figure(
             如果为 None，根据数据自动计算。
         statistic (bool): 是否添加统计显著性标注。默认为 False。
         test_method (str): 统计检验方法。当前仅支持 'external'（使用外部提供的 p 值）。
-        p_list (list[list[Num]] | None): 外部提供的 p 值列表。
+        p_list (list[list[float]] | None): 外部提供的 p 值列表。
             结构为 [组1的p值列表, 组2的p值列表, ...]，每个组的 p 值列表对应该组内所有两两比较。
             当 statistic=True 且 test_method='external' 时必须提供。
         line_color (str): 显著性标注连线的颜色。默认为 '0.5'（中灰色）。