Merge branch 'fusionSectionsCDA' of https://github.com/ansforge/IG-document-core into fusionSectionsCDA

Author: souadbenmustapha

_build.bat

@@ -25,22 +25,34 @@ IF EXIST "%input_cache_path%%publisher_jar%" (
     ) ELSE (
         SET "jar_location=not_found"
         SET "default_choice=1"
+        SET "default_reason=publisher not found"
         ECHO publisher.jar not found in input-cache or parent folder
     )
 )
 
 
 :: Handle command-line argument to bypass the menu
-IF NOT "%~1"=="" (
-    IF /I "%~1"=="update" SET "userChoice=1"
-    IF /I "%~1"=="build" SET "userChoice=2"
-    IF /I "%~1"=="nosushi" SET "userChoice=3"
-    IF /I "%~1"=="notx" SET "userChoice=4"
-    IF /I "%~1"=="jekyll" SET "userChoice=5"
-    IF /I "%~1"=="clean" SET "userChoice=6"
-    IF /I "%~1"=="exit" SET "userChoice=0"
-    GOTO executeChoice
-)
+:: Known first arguments select a menu option; anything else is passed through to the publisher
+SET "extraArgs="
+IF "%~1"=="" GOTO showMenu
+IF /I "%~1"=="update" SET "userChoice=1" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="build" SET "userChoice=2" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="nosushi" SET "userChoice=3" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="notx" SET "userChoice=4" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="jekyll" SET "userChoice=5" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="clean" SET "userChoice=6" & GOTO parseExtra
+IF /I "%~1"=="exit" SET "userChoice=0" & GOTO parseExtra
+:: Unknown first arg - default to build, pass all args through
+SET "userChoice=2"
+GOTO collectArgs
+:parseExtra
+SHIFT
+:collectArgs
+IF "%~1"=="" GOTO executeChoice
+SET "extraArgs=!extraArgs! %1"
+SHIFT
+GOTO collectArgs
+:showMenu
 
 echo ---------------------------------------------------------------
 ECHO Checking internet connection...
@@ -53,10 +65,14 @@ IF "%online_status%"=="true" (
     SET "latest_version=!latest_version: =!"
     SET "latest_version=!latest_version:~0,-1!"
 ) ELSE (
-    ECHO We're offline or tx.fhir.org is not available, can only run the publisher without TX...
+    ECHO.
+    ECHO *** WARNING: Working offline - this is not the normal mode.
+    ECHO     Some features (e.g. terminology rendering) will not work.
+    ECHO.
     SET "txoption=-tx n/a"
     SET "latest_version=unknown"
     SET "default_choice=4"
+    SET "default_reason=working offline"
 )
 
 echo ---------------------------------------------------------------
@@ -79,9 +95,11 @@ IF NOT "%online_status%"=="true" (
     IF NOT "!publisher_version!"=="!latest_version!" (
         ECHO An update is recommended.
         SET "default_choice=1"
+        SET "default_reason=newer version available"
     ) ELSE (
         ECHO Publisher is up to date.
         SET "default_choice=2"
+        SET "default_reason=publisher is up to date"
     )
 )
 
@@ -96,12 +114,9 @@ echo 4. Build IG - force no TX server
 echo 5. Jekyll build
 echo 6. Clean up temp directories
 echo 0. Exit
-:: echo [Press Enter for default (%default_choice%) or type an option number:]
 echo.
 
-:: Using CHOICE to handle input with timeout
-:: ECHO [Enter=Continue, 1-7=Option, 0=Exit]
-choice /C 12345670 /N /CS /D %default_choice% /T 5 /M "Choose an option number or wait 5 seconds for default (%default_choice%):"
+choice /C 12345670 /N /CS /D %default_choice% /T 5 /M "Choose an option number or wait 5 seconds for default (%default_choice% - %default_reason%):"
 SET "userChoice=%ERRORLEVEL%"
 
 
@@ -115,15 +130,12 @@ IF "%userChoice%"=="4" GOTO publish_notx
 IF "%userChoice%"=="5" GOTO debugjekyll
 IF "%userChoice%"=="6" GOTO clean
 IF "%userChoice%"=="0" EXIT /B
-
-:end
-
-
+GOTO endscript
 
 :debugjekyll
     echo Running Jekyll build...
     jekyll build -s temp/pages -d output
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
 :clean
@@ -152,10 +164,7 @@ GOTO end
         echo Removed: .\template
     )
 
-GOTO end
-
-
-
+GOTO endscript
 
 
 :downloadpublisher
@@ -198,7 +207,7 @@ IF DEFINED FORCE (
 	GOTO download
 )
 
-IF "%skipPrompts%"=="y" (
+IF "%skipPrompts%"=="true" (
 	SET create=Y
 ) ELSE (
 	SET /p create="Download? (Y/N) "
@@ -211,7 +220,7 @@ IF /I "%create%"=="Y" (
 GOTO done
 
 :upgrade
-IF "%skipPrompts%"=="y" (
+IF "%skipPrompts%"=="true" (
 	SET overwrite=Y
 ) ELSE (
 	SET /p overwrite="Overwrite %jarlocation%? (Y/N) "
@@ -265,15 +274,15 @@ GOTO done
 
 ECHO.
 ECHO Updating scripts
-IF "%skipPrompts%"=="y" (
+IF "%skipPrompts%"=="true" (
 	SET updateScripts=Y
 ) ELSE (
 	SET /p updateScripts="Update scripts? (Y/N) "
 )
 IF /I "%updateScripts%"=="Y" (
 	GOTO scripts
 )
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
 :scripts
@@ -299,27 +308,28 @@ ECHO Updating _build.bat
 call POWERSHELL -command if ('System.Net.WebClient' -as [type]) {(new-object System.Net.WebClient).DownloadFile(\"%build_bat_url%\",\"_build.new.bat\") } else { Invoke-WebRequest -Uri "%build_bat_url%" -Outfile "_build.new.bat" }
 if %ERRORLEVEL% == 0 goto upd_script_2
 echo "Errors encountered during download: %errorlevel%"
-goto end
+goto endscript
 :upd_script_2
 start copy /y "_build.new.bat" "_build.bat" ^&^& del "_build.new.bat" ^&^& exit
 
 
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
 :publish_once
 
 SET JAVA_TOOL_OPTIONS=-Dfile.encoding=UTF-8
 
 :: Debugging statements before running publisher
-ECHO 1jar_location is: %jar_location%
+ECHO jar_location is: %jar_location%
 IF NOT "%jar_location%"=="not_found" (
-	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% %*
+	ECHO IG Publisher FOUND, Publishing...
+	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% %extraArgs%
 ) ELSE (
 	ECHO IG Publisher NOT FOUND in input-cache or parent folder.  Please run _updatePublisher.  Aborting...
 )
 
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
 
@@ -328,14 +338,14 @@ GOTO end
 SET JAVA_TOOL_OPTIONS=-Dfile.encoding=UTF-8
 
 :: Debugging statements before running publisher
-ECHO 3jar_location is: %jar_location%
+ECHO jar_location is: %jar_location%
 IF NOT "%jar_location%"=="not_found" (
-	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% -no-sushi %*
+	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% -no-sushi %extraArgs%
 ) ELSE (
 	ECHO IG Publisher NOT FOUND in input-cache or parent folder. Please run _updatePublisher.  Aborting...
 )
 
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
 :publish_notx
@@ -344,43 +354,33 @@ SET txoption=-tx n/a
 SET JAVA_TOOL_OPTIONS=-Dfile.encoding=UTF-8
 
 :: Debugging statements before running publisher
-ECHO 2jar_location is: %jar_location%
+ECHO jar_location is: %jar_location%
 IF NOT "%jar_location%"=="not_found" (
-	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% %*
+	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% %extraArgs%
 ) ELSE (
 	ECHO IG Publisher NOT FOUND in input-cache or parent folder.  Please run _updatePublisher.  Aborting...
 )
 
-GOTO end
-
-
+GOTO endscript
 
 
 :publish_continuous
 
 SET JAVA_TOOL_OPTIONS=-Dfile.encoding=UTF-8
 
-:: Debugging statements before running publisher
-ECHO Checking %input_cache_path% for publisher.jar
-IF EXIST "%input_cache_path%\%publisher_jar%" (
-	java %JAVA_OPTS% -jar "%input_cache_path%\%publisher_jar%" -ig . %txoption% -watch %*
+ECHO jar_location is: %jar_location%
+IF NOT "%jar_location%"=="not_found" (
+	java %JAVA_OPTS% -jar "%jar_location%" -ig . %txoption% -watch %extraArgs%
 ) ELSE (
-    ECHO Checking %upper_path% for publisher.jar
-    IF EXIST "..\%publisher_jar%" (
-	    java %JAVA_OPTS% -jar "..\%publisher_jar%" -ig . %txoption% -watch %*
-    ) ELSE (
-	    ECHO IG Publisher NOT FOUND in input-cache or parent folder.  Please run _updatePublisher.  Aborting...
-    )
+	ECHO IG Publisher NOT FOUND in input-cache or parent folder.  Please run _updatePublisher.  Aborting...
 )
 
-GOTO end
+GOTO endscript
 
 
-:end
+:endscript
 
 :: Pausing at the end
-
-
 IF NOT "%skipPrompts%"=="true" (
   PAUSE
 )

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionAllergiesEtHypersensibilites.fsh

@@ -17,12 +17,18 @@ and frSectionAllergiesEtHypersensibilites 1..1
 * templateId[ccdAlertsSection] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications C-CDA"
 * templateId[frSectionAllergiesEtHypersensibilites].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.137"
 * templateId[frSectionAllergiesEtHypersensibilites] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code de la section"
 * code ^definition = "Code de la section"
+* code.code 1..1
 * code.code = #48765-2
+* code.displayName 1..1
 * code.displayName = "Allergies et hypersensibilités"
+* code.codeSystem 1..1
 * code.codeSystem = "2.16.840.1.113883.6.1"
 * code.codeSystemName = "LOINC"
 * title 1..1

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionAntecedentsFamiliaux.fsh

@@ -3,7 +3,7 @@ Parent: http://hl7.org/cda/stds/core/StructureDefinition/Section
 Id: fr-cda-section-antecedents-familiaux
 Title: "CDA - FR Antecedents familiaux"
 Description: "IHE-PCC Coded-Family-Medical-History
- - Liste codée des antécédents familiaux."
+ - Liste codée des antécédents familiaux"
 * templateId 1..4
 * templateId ^slicing.discriminator.type = #value
 * templateId ^slicing.discriminator.path = "root"
@@ -20,12 +20,18 @@ and frSectionAntecedentsFamiliaux 1..1
 * templateId[ccdFamilyHistorySection] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications C-CDA"
 * templateId[frSectionAntecedentsFamiliaux].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.139"
 * templateId[frSectionAntecedentsFamiliaux] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code de la section"
 * code ^definition = "Code de la section"
+* code.code 1..1
 * code.code = #10157-6
+* code.displayName 1..1 
 * code.displayName = "Historique des pathologies familiales"
+* code.codeSystem 1..1
 * code.codeSystem = "2.16.840.1.113883.6.1"
 * code.codeSystemName = "LOINC"
 * title MS

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionAntecedentsMedicaux.fsh

@@ -14,12 +14,18 @@ and frSectionAntecedentsMedicaux 1..1
 * templateId[iheHistoryOfPastIllnessSection] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications IHE PCC"
 * templateId[frSectionAntecedentsMedicaux].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.134"
 * templateId[frSectionAntecedentsMedicaux] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code de la section"
 * code ^definition = "Code de la section"
+* code.code 1..1
 * code.code = #11348-0
+* code.displayName 1..1
 * code.displayName = "Antécédents médicaux"
+* code.codeSystem 1..1
 * code.codeSystem = "2.16.840.1.113883.6.1"
 * code.codeSystemName = "LOINC"
 * title 1..1

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionCRBIOChapitre.fsh

@@ -3,7 +3,9 @@ Parent: http://hl7.org/cda/stds/core/StructureDefinition/Section
 Id: fr-cda-cr-bio-chapitre
 Title: "CDA - FR CR BIO Chapitre"
 Description: "IHE-PaLM - Laboratory Specialty Section
- - Une section de premier niveau est appelée 'Chapitre' et correspond à une sous-discipline de la biologie médicale (par exemple « biochimie »).Elle contient :soit directement la présentation des résultats d'examens de biologie médicale obtenus pour ce chapitre : dans ce cas, il y a un unique élément <text> (présentation du contenu pour le lecteur) et un unique élément <entry> (données codées pour les SIS dont procède le contenu de l'élément <text>)soit une liste de sections de second niveau, appelés sous-chapitres (par exemple « Gaz du sang ») : dans ce cas, il y a une liste d'éléments <component> dont chacun introduit une <section> de second niveau présentant un sous-ensemble de un ou plusieurs résultats d'examens de biologie médicale.Remarque : L'arborescence du corps du compte rendu d'examens de biologie médicale est choisie par le LPS producteur du document selon la logique de présentation définie par le laboratoire."
+ - Une section de premier niveau est appelée 'Chapitre' et correspond à une sous-discipline de la biologie médicale (par exemple « biochimie »). Elle contient :
+  - soit directement la présentation des résultats d'examens de biologie médicale obtenus pour ce chapitre : dans ce cas, il y a un unique élément <text> (présentation du contenu pour le lecteur) et un unique élément <entry> (données codées pour les SIS dont procède le contenu de l'élément <text>)
+  - soit une liste de sections de second niveau, appelés sous-chapitres (par exemple « Gaz du sang ») : dans ce cas, il y a une liste d'éléments <component> dont chacun introduit une <section> de second niveau présentant un sous-ensemble de un ou plusieurs résultats d'examens de biologie médicale.Remarque : L'arborescence du corps du compte rendu d'examens de biologie médicale est choisie par le LPS producteur du document selon la logique de présentation définie par le laboratoire."
 * templateId 1..2
 * templateId ^slicing.discriminator.type = #value
 * templateId ^slicing.discriminator.path = "root"
@@ -14,10 +16,16 @@ and frSectionCrBioChapitre 1..1
 * templateId[iheLaboratorySpecialtySection] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications IHE PCC"
 * templateId[frSectionCrBioChapitre].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.70"
 * templateId[frSectionCrBioChapitre] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code du chapitre. Le code du chapitre doit être un code issu du jeu de valeurs Circuit de la biologie (disponible sur bioloinc.fr), onglet ‘2.Chapitres LOINC’ et contenant les codes et libellés traduits en français pour la biologie."
 * code ^definition = "Code du chapitre"
+* code.code 1..1 
+* code.displayName 1..1
+* code.codeSystem 1..1
 * title MS
 * title ^short = "Titre du chapitre"
 * title ^definition = "Titre du chapitre"

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionCRBIOSousChapitre.fsh

@@ -14,10 +14,16 @@ and frSectionCrBioSousChapitre 1..1
 * templateId[iheLaboratoryReportItemSection] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications IHE PCC"
 * templateId[frSectionCrBioSousChapitre].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.71"
 * templateId[frSectionCrBioSousChapitre] ^short = "Déclaration de conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code du sous-chapitre Le code du sous-chapitre doit être un code issu du jeu de valeurs Circuit de la biologie (disponible sur bioloinc.fr) onglet ‘2.Chapitres LOINC’ et contenant les codes et libellés traduits en français pour la biologie."
 * code ^definition = "Code du sous-chapitre"
+* code.code 1..1 
+* code.displayName 1..1
+* code.codeSystem 1..1
 * title MS
 * title ^short = "Titre du sous-chapitre Identique au @displayName du <code>"
 * title ^definition = "Titre du sous-chapitre"

input/fsh/RessourcesCDACorps/profils/sections/FRCDASectionCodeABarres.fsh

@@ -10,12 +10,18 @@ Description: "Cette section permet d'enregistrer des codes à barres"
 * templateId contains frSectionCodeABarres 1..1
 * templateId[frSectionCodeABarres].root = "1.2.250.1.213.1.1.2.223"
 * templateId[frSectionCodeABarres] ^short = "Conformité de la section aux spécifications CI-SIS"
+* id 1..1 MS
+* id ^short = "Identifiant de la section"
+* id ^definition = "Identifiant de la section"
 * code MS
 * code 1..1
 * code ^short = "Code de la section"
 * code ^definition = "Code de la section"
+* code.code 1..1
 * code.code = #57723-9
+* code.displayName 1..1
 * code.displayName = "Numéro de code à barres unique"
+* code.codeSystem 1..1
 * code.codeSystem = "2.16.840.1.113883.6.1"
 * code.codeSystemName = "LOINC"
 * title MS