docs: fix documentation deviations from source code (#220)

* docs: 修正 docs/conversation 文档与源码的偏差(multi-turn/streaming/the-loop)

- multi-turn: TranscriptWriter→Project 私有类, 会话路径改用 sanitized-cwd,
  补充 StoredCostState.lastDuration 字段, 模型切换改为 setModel(),
  QueryEngine 状态补全 loadedNestedMemoryPaths/hasHandledOrphanedPermission,
  行号改为符号引用
- streaming: STALL_THRESHOLD_MS 10s→30s, 新增 90s 主动空闲看门狗描述,
  非流式降级补充 didFallBackToNonStreaming/executeNonStreamingRequest,
  行号改为符号引用
- the-loop: 终止条件 7→11, 继续条件重整为 5 组层级结构,
  max_output_tokens 拆分 escalate/recovery 子阶段,
  prompt-too-long 拆分 collapse_drain/reactive_compact 子策略,
  State 类型修正 autoCompactTracking 为可选, 行号改为符号引用
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(custom-agents/hooks/skills)

- custom-agents: Verification 模型修正为 inherit, 补充 Plugin Agent 字段限制
  (permissionMode/hooks/mcpServers 被安全忽略, isolation 仅 worktree),
  加载流程修正为 6 层优先级, 补充 memory snapshot 门控条件
- hooks: 事件数 22→27(补充 Notification), Hook 类型定义位置修正为 3 个文件,
  行号改为符号引用, Zod schema 范围修正, 去重键修正为四部分复合键,
  registerFrontmatterHooks/clearSessionHooks 区分定义位置和调用位置
- skills: 字段数 17→16, 权限层级 4→5(补充 remote canonical auto-allow),
  SAFE_SKILL_PROPERTIES 28→30, skillUsageTracking 路径修正,
  行号改为符号引用
- mcp-protocol: 全部验证通过, 无需修改
- 全部: 添加 sourceRef 版本锚定(3ec5675)

* Revert "docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(custom-agents/hooks/skills)"

* docs: 修正 docs/extensibility 文档与源码的偏差(hooks/skills/mcp-protocol)

hooks:
- 事件数 22→27(补充 Notification 事件)
- Hook 类型定义位置修正为 3 个文件分布
  (schemas/hooks.ts / types/hooks.ts / utils/hooks/sessionHooks.ts)
- Zod schema 引用从硬编码行号改为符号引用
- hookSpecificOutput 表从 6 扩展至 15 个事件
  (补全 permissionDecisionReason / PostToolUseFailure / SubagentStart 等)
- 去重键从 pluginRoot\0command 修正为四部分复合键
  (pluginRoot\0shell\0command\0ifCondition)
- 全部硬编码行号改为符号引用以避免版本漂移

skills:
- parseSkillFrontmatterFields 字段数 17→16
- SAFE_SKILL_PROPERTIES 属性数 28→30
- checkPermissions 层级 4→5
- 第 2 层描述从"官方市场"修正为"远程 canonical"

mcp-protocol:
- 配置层级从"三级"修正为
  "enterprise 独占或合并 user/project/local + plugin + claude.ai"

* docs: 修正 system-prompt.mdx 中 Boundary 章节的层级与可读性

- Boundary 插入条件从 ### 降为 blockquote，不再打断三种分块模式的并列结构
- 表格中 Boundary 缓存策略列补充说明其分割作用
- 新增 Boundary 概念释义（blockquote），解释其分割静态区/动态区以实现全局缓存的设计意图

Author: CyberScrubber

docs/context/system-prompt.mdx

@@ -43,9 +43,11 @@ export function asSystemPrompt(value: readonly string[]): SystemPrompt {
 | 阶段 | 内容 | 缓存策略 |
 |------|------|----------|
 | **静态区** | Intro Section、System Rules、Doing Tasks、Actions、Using Tools、Tone & Style、Output Efficiency | 可跨组织缓存（`scope: 'global'`） |
-| **BOUNDARY** | `SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY = '__SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY__'` | 分界标记（不发送给 API） |
+| **BOUNDARY** | `SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY = '__SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY__'` | 分界标记（不发送给 API，仅用于分割静态区与动态区以实现全局缓存） |
 | **动态区** | Session Guidance、Memory、Model Override、Env Info、Language、Output Style、MCP Instructions、Scratchpad、FRC、Summarize Tool Results、Token Budget、Brief | 每次会话不同（`scope: 'org'` 或无缓存） |
 
+> **Boundary 是什么**：它把 System Prompt 分成"不变的静态区"和"因用户/会话而异的动态区"。静态区对所有用户相同，可获得 `scope: 'global'` 跨组织缓存；动态区每次不同，只能 `scope: 'org'` 或不缓存。它本身是一个特殊字符串，在发送给 API 前被移除，AI 永远看不到。
+
 ### 动态区的 Section 注册表
 
 动态区通过 `systemPromptSection()` / `DANGEROUS_uncachedSystemPromptSection()` 注册，这两个工厂函数定义于 `src/constants/systemPromptSections.ts`：
@@ -151,9 +153,7 @@ MCP 工具列表在会话中可能变化（连接/断开），破坏了跨组织
 
 这是缓存效率最高的模式。`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 之前的静态内容（Intro、Rules、Tone & Style 等）对所有用户相同，可跨组织缓存。
 
-### Boundary 插入条件
-
-`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 标记**仅在特定条件**下插入：
+> **Boundary 插入条件**：`SYSTEM_PROMPT_DYNAMIC_BOUNDARY` 标记**仅在特定条件**下插入：
 
 ```typescript
 // src/utils/betas.ts:226-229

docs/conversation/multi-turn.mdx

@@ -2,6 +2,7 @@
 title: "多轮对话管理 - QueryEngine 会话编排与持久化"
 description: "从源码角度解析 Claude Code 多轮对话管理：QueryEngine 的会话状态机、JSONL transcript 持久化、成本追踪模型和模型热切换机制。"
 keywords: ["多轮对话", "会话管理", "QueryEngine", "transcript", "成本追踪"]
+sourceRef: "3ec5675 (2026-04-08)"
 ---
 
 {/* 本章目标：从源码角度揭示会话编排、持久化存储、成本追踪和模型切换的完整链路 */}
@@ -11,15 +12,17 @@ keywords: ["多轮对话", "会话管理", "QueryEngine", "transcript", "成本
 - **单轮**（一次 Agentic Loop）：`query()` 函数的一次完整执行——组装上下文 → 调 API → 处理工具调用 → 循环直到结束
 - **多轮**（一个 Session）：`QueryEngine` 类管理的一次会话——跨越数十轮 `submitMessage()` 调用，持续数小时
 
-`QueryEngine`（`src/QueryEngine.ts:186`）是单轮 Agentic Loop 之上的**会话编排器**，它管理的状态远不止消息列表：
+`QueryEngine`（`src/QueryEngine.ts`，类定义）是单轮 Agentic Loop 之上的**会话编排器**，它管理的状态远不止消息列表：
 
 ```
-QueryEngine 内部状态
+QueryEngine 内部状态（src/QueryEngine.ts 构造函数）
 ├── mutableMessages: Message[]         ← 完整对话历史，跨 turn 累积
 ├── readFileState: FileStateCache      ← 已读文件内容缓存，避免重复读取
 ├── totalUsage: NonNullableUsage       ← 累计 token 消耗（input/output/cache）
 ├── permissionDenials: SDKPermissionDenial[]  ← 权限拒绝记录
 ├── discoveredSkillNames: Set<string>  ← 当前 turn 已发现的 skill
+├── loadedNestedMemoryPaths: Set<string>  ← 已加载的嵌套 memory 路径（防重复）
+├── hasHandledOrphanedPermission: boolean  ← 是否已处理孤立权限请求
 └── abortController: AbortController   ← 会话级中断控制
 ```
 
@@ -28,29 +31,37 @@ QueryEngine 内部状态
 每次用户输入一条消息，REPL 或 SDK 调用 `submitMessage()`，它会执行完整的 turn 初始化链路：
 
 ```typescript
-// src/QueryEngine.ts:211 — 简化的 submitMessage 流程
-async *submitMessage(prompt, options?): AsyncGenerator<SDKMessage> {
+// src/QueryEngine.ts — QueryEngine.submitMessage() 简化流程
+async *submitMessage(
+  prompt: string | ContentBlockParam[],
+  options?: { uuid?: string; isMeta?: boolean },
+): AsyncGenerator<SDKMessage> {
   // 1. 清除 turn 级追踪状态
   this.discoveredSkillNames.clear()
-  
-  // 2. 解析模型（用户可能中途切换了模型）
-  const mainLoopModel = userSpecifiedModel
-    ? parseUserSpecifiedModel(userSpecifiedModel)
+
+  // 2. 解析模型（用户可能中途通过 setModel() 切换了模型）
+  const mainLoopModel = this.config.userSpecifiedModel
+    ? parseUserSpecifiedModel(this.config.userSpecifiedModel)
     : getMainLoopModel()
-  
+
   // 3. 动态组装 System Prompt（每次 turn 都重新构建）
   const { defaultSystemPrompt, userContext, systemContext } =
     await fetchSystemPromptParts({ tools, mainLoopModel, mcpClients })
-  
+
   // 4. 包装权限检查（追踪每次拒绝）
   const wrappedCanUseTool = async (tool, input, ...) => {
     const result = await canUseTool(tool, input, ...)
     if (result.behavior !== 'allow') {
-      this.permissionDenials.push({ tool_name: tool.name, ... })
+      this.permissionDenials.push({
+        type: 'permission_denial',
+        tool_name: sdkCompatToolName(tool.name),
+        tool_use_id: toolUseID,
+        tool_input: input,
+      })
     }
     return result
   }
-  
+
   // 5. 调用核心 query() 函数执行 agentic loop
   yield* query({
     systemPrompt, messages: this.mutableMessages,
@@ -68,36 +79,43 @@ async *submitMessage(prompt, options?): AsyncGenerator<SDKMessage> {
 ### 存储路径
 
 ```
-~/.claude/projects/<project-hash>/<session-id>.jsonl
+~/.claude/projects/<sanitized-cwd>/<session-uuid>.jsonl
 ```
 
-- `project-hash` 由 `getProjectDir(originalCwd)` 生成，同一项目目录的会话归入同一子目录
+- 路径由 `getProjectDir(originalCwd)` 生成，使用 `sanitizePath()` 将项目目录路径转换为安全的目录名（非 hash），同一项目目录的会话归入同一子目录
 - 每条记录是一行 JSON（JSONL 格式），支持追加写入而不需要读取-修改-写入整个文件
-- 读取上限为 50MB（`MAX_TRANSCRIPT_READ_BYTES`），防止超大会话导致 OOM
+- 读取上限为 50MB（`MAX_TRANSCRIPT_READ_BYTES` 常量，`src/utils/sessionStorage.ts`），防止超大会话导致 OOM
 
 ### Transcript 写入器
 
-`TranscriptWriter`（`src/utils/sessionStorage.ts:1200+`）是一个写队列，确保并发的消息追加不会互相覆盖：
+`Project` 类（`src/utils/sessionStorage.ts`，私有类）管理 transcript 的写入。它通过 `writeQueues`（按文件分组的写队列）和 `drainWriteQueue()`（定时批量刷写）确保并发消息追加不会互相覆盖：
 
 ```
-写入流程：
-  appendEntryToFile(sessionId, entry)
+写入流程（异步排队路径）：
+  recordTranscript(sessionId, entry)
     ↓
-  ensureCurrentSessionFile()   ← 懒初始化：首次写入时才创建文件
+  project.enqueueWrite(filePath, entry)    ← 入列到 writeQueues
     ↓
-  序列化为 JSON + 换行符
+  scheduleDrain()                          ← 设置定时器（FLUSH_INTERVAL_MS）
     ↓
-  appendFile(path, line)       ← 原子追加
+  drainWriteQueue()                        ← 按 MAX_CHUNK_BYTES 分批
+    ↓  写入每批
+  appendToFile(path, batchContent)         ← 批量追加
     ↓
   如果配置了远程持久化：
     persistToRemote(sessionId, entry)
       ├── CCR v2: internalEventWriter('transcript', entry)
       └── v1 Ingress: sessionIngress.appendSessionLog(...)
+
+同步直写路径（用于元数据重写等场景）：
+  appendEntryToFile(fullPath, entry)       ← 同步 appendFileSync
+    ↓
+  失败时 mkdir + 重试
 ```
 
 ### 会话恢复链路
 
-`--resume` 参数触发的恢复流程（`src/main.tsx:3620+`）：
+`--resume` 参数触发的恢复流程（`src/main.tsx` 中 `--resume` 分支）：
 
 ```
 1. 解析 resume 参数：
@@ -130,15 +148,16 @@ async *submitMessage(prompt, options?): AsyncGenerator<SDKMessage> {
 ### 累计层：cost-tracker.ts
 
 ```typescript
-// src/cost-tracker.ts — StoredCostState 数据模型
+// src/cost-tracker.ts — StoredCostState 类型定义
 type StoredCostState = {
   totalCostUSD: number                       // 累计美元花费
   totalAPIDuration: number                   // API 调用总时长（含重试）
   totalAPIDurationWithoutRetries: number     // 不含重试的纯推理时间
   totalToolDuration: number                  // 工具执行总时长
   totalLinesAdded: number                    // 代码增加行数
   totalLinesRemoved: number                  // 代码删除行数
-  modelUsage: { [modelName: string]: ModelUsage }  // 按模型分拆的用量
+  lastDuration: number | undefined           // 最近一次会话时长
+  modelUsage: { [modelName: string]: ModelUsage } | undefined  // 按模型分拆的用量
 }
 ```
 
@@ -156,18 +175,18 @@ saveCurrentSessionCosts(sessionId)
 
 ### 预算熔断
 
-`QueryEngineConfig.maxBudgetUsd` 提供了会话级的硬性预算上限。在 REPL 中，当累计费用超过 $5 时（`src/screens/REPL.tsx:2208`），弹出费用提醒对话框——这不是硬性阻断，而是"软提醒"。
+`QueryEngineConfig.maxBudgetUsd` 提供了会话级的硬性预算上限。在 REPL 中，当累计费用超过 $5 时（`src/screens/REPL.tsx` 中费用阈值 `useEffect`），弹出费用提醒对话框——这不是硬性阻断，而是"软提醒"，且仅在 `hasConsoleBillingAccess()` 为 true 时显示。
 
 ## 模型热切换
 
 在一个会话中切换模型不会丢失对话历史——因为 `mutableMessages` 与模型选择是解耦的：
 
 ```
-/model sonnet → setMainLoopModelOverride('claude-sonnet-4-20250514')
-  ↓
+/model sonnet → QueryEngine.setModel('claude-sonnet-4-20250514')
+  ↓  实际操作：this.config.userSpecifiedModel = model（QueryEngine.setModel() 方法）
 下一次 submitMessage() 开始时：
   ↓
-parseUserSpecifiedModel(userSpecifiedModel)
+parseUserSpecifiedModel(this.config.userSpecifiedModel)
   → 返回新的模型配置
   ↓
 fetchSystemPromptParts({ mainLoopModel: newModel })

docs/conversation/streaming.mdx

@@ -2,6 +2,7 @@
 title: "流式响应机制 - Claude Code 打字机效果原理"
 description: "解析 Claude Code 流式响应实现：如何通过 SSE 逐 token 接收 AI 输出，实现实时打字机效果，提升用户等待体验。"
 keywords: ["流式响应", "SSE", "streaming", "实时输出", "API streaming"]
+sourceRef: "3ec5675 (2026-04-08)"
 ---
 
 ## 为什么需要流式
@@ -31,7 +32,7 @@ message_stop            ← 消息结束
 
 ### 事件处理状态机
 
-`src/services/api/claude.ts:1980-2298` 实现了一个基于 `switch(part.type)` 的状态机：
+`src/services/api/claude.ts` 中 `queryStreamRaw()` 函数的事件处理循环实现了一个基于 `switch(part.type)` 的状态机：
 
 | 事件类型 | 处理逻辑 | 状态变更 |
 |----------|----------|----------|
@@ -76,7 +77,7 @@ content_block_stop  (index=2)
 `stop_reason` 要等到 `message_delta` 才确定（可能是 `end_turn`、`tool_use`、`max_tokens` 等），所以最后一条消息的 `stop_reason` 是**回写**的：
 
 ```typescript
-// claude.ts:2246 — 直接属性修改，不用对象替换
+// claude.ts — stop_reason 回写逻辑（直接属性修改，不用对象替换）
 // 因为 transcript 写队列持有 message.message 的引用
 const lastMsg = newMessages.at(-1)
 if (lastMsg) {
@@ -89,16 +90,21 @@ if (lastMsg) {
 
 ### 网络断开
 
-流式连接依赖 SSE（Server-Sent Events）。当连接中断时：
+流式连接依赖 SSE（Server-Sent Events）。当连接中断时，系统有两层检测机制：
 
-1. **Stream idle watchdog**：定时检测事件间隔，超过阈值（stall）触发告警和重试
-2. **Stream abort**：如果 watchdog 检测到长时间无事件，抛出错误进入重试流程
-3. **非流式降级**：作为最后手段，回退到非流式请求（一次性获取完整响应）
+1. **被动停滞检测**（`src/services/api/claude.ts` 中 stall 检测逻辑）：当下一个事件到达时，计算与上一个事件的时间间隔。超过阈值（30 秒，`STALL_THRESHOLD_MS = 30_000`）记录为一次 stall，累积计数并写入遥测日志。这是被动检测——仅在下一个 chunk 到达时才触发，不会主动中断流。
+2. **主动空闲超时看门狗**（`src/services/api/claude.ts` 中 `STREAM_IDLE_TIMEOUT_MS` 看门狗逻辑）：使用 `setTimeout` 设置 90 秒（可通过 `CLAUDE_STREAM_IDLE_TIMEOUT_MS` 环境变量覆盖）的硬性超时。如果在此期间没有收到任何事件，主动终止流并抛出错误进入重试流程。
+3. **非流式降级**：作为最后手段，设置 `didFallBackToNonStreaming` 标志，通过 `executeNonStreamingRequest()` 回退到非流式请求（一次性获取完整响应）。
 
 ```typescript
-// claude.ts:2338-2355 — 检测空流
-// 1. 完全没有事件 → 代理返回了非 SSE 响应
-// 2. 有 message_start 但没有 content_block_stop → 流被截断
+// claude.ts — 被动停滞检测
+const STALL_THRESHOLD_MS = 30_000  // 30 秒无事件视为停滞
+let totalStallTime = 0
+let stallCount = 0
+
+// claude.ts — 主动空闲超时
+const STREAM_IDLE_TIMEOUT_MS =
+  parseInt(process.env.CLAUDE_STREAM_IDLE_TIMEOUT_MS || '', 10) || 90_000
 ```
 
 ### API 限流
@@ -118,7 +124,7 @@ if (lastMsg) {
 | **上下文窗口超限** | `model_context_window_exceeded` | 触发 compaction 压缩对话历史后重试 |
 
 ```typescript
-// claude.ts:2267-2293
+// claude.ts — stop_reason 处理
 if (stopReason === 'max_tokens') {
   yield createAssistantAPIErrorMessage({ error: 'max_output_tokens', ... })
 }
@@ -133,16 +139,16 @@ if (stopReason === 'model_context_window_exceeded') {
 系统持续监控事件到达间隔，检测"停滞"（stall）：
 
 ```typescript
-// claude.ts:1940-1966
-const STALL_THRESHOLD_MS = 10_000  // 10 秒无事件视为停滞
+// claude.ts — stall 检测逻辑
+const STALL_THRESHOLD_MS = 30_000  // 30 秒无事件视为停滞
 if (timeSinceLastEvent > STALL_THRESHOLD_MS) {
   stallCount++
   totalStallTime += timeSinceLastEvent
   logEvent('tengu_streaming_stall', { stall_duration_ms, stall_count, ... })
 }
 ```
 
-多个 stall 累积后，watchdog 可能决定中断流并触发重试。
+这是**被动检测**——仅在下一个 chunk 到达时才触发比较。与之互补的是 90 秒主动空闲超时看门狗（`STREAM_IDLE_TIMEOUT_MS`），会直接中断长时间无响应的流。
 
 ## 工具执行的流式反馈