test: add application layer unit tests (134 tests) and sync architecture docs

Add comprehensive unit tests for all 11 application/memory executor
files covering record, read, find, manage, and format operations.
Update harness-engineering.md module map to reflect the three-layer
architecture. Mark Phase 7 complete in exposure-mode-separation plan.

Author: codefromkarl

docs/architecture/harness-engineering.md

@@ -62,14 +62,16 @@ ContextAtlas 通过 CLI 和 MCP 协议暴露能力，上层 agent 在需要上
 
 | 模块 | 职责 | 关键实现 |
 |------|------|---------|
+| `application/` | 业务逻辑层 | CLI 和 MCP adapter 统一入口，承载查询编排、结果整形、写入策略 |
 | `scanner/` | 文件发现与变更检测 | crawler 遍历 + hash 增量 + filter 排除 |
 | `chunking/` | 语义分片 | Tree-sitter AST 分片 + ParserPool 并行 |
 | `indexer/` | 向量索引编排 | chunking → embedding → LanceDB 写入，含自愈和单调版本 |
 | `search/` | 混合检索 | 向量召回 + FTS 精确召回 + RRF 融合 + rerank + 图扩展 |
 | `memory/` | 项目记忆系统 | 功能记忆 + 决策记录 + 长期记忆 + 跨项目 Hub + catalog 路由 |
 | `indexing/` | 异步索引队列 | SQLite 任务队列 + daemon 消费 + 快照原子切换 |
 | `storage/` | 存储布局 | 快照版本管理 + prepare/commit/prune |
-| `mcp/` | MCP 协议层 | 21 个 MCP 工具，涵盖检索、记忆、索引策略 |
+| `mcp/` | MCP 协议层 | thin adapter（Zod schema + 委托调用），业务逻辑在 application 层 |
+| `cli/` | CLI 命令层 | 参数解析 + 输出格式化，直接调用 application 层 |
 | `monitoring/` | 系统健康 | 索引健康 + 记忆健康 + 检索监控 + 告警引擎 |
 | `usage/` | 使用追踪 | 工具调用 + 索引事件记录 + 索引优化分析 |
 | `api/` | 外部 API 封装 | Embedding 批量调用 + Rerank 排序 + Unicode 规范化 |

docs/plans/exposure-mode-separation-plan.md

@@ -407,15 +407,42 @@ setup 文件集合拆分后，旧用户本地环境可能遗留多余配置。
 - 通过 mode 控制而不是全局删除
 - 给 `mcp` 模式保留现有行为
 
+### Phase 7 - Memory 工具业务逻辑下沉 ✅ 已完成（2026-04-14）
+
+完成说明：全部 11 个 Memory MCP 工具的业务逻辑提取到 `src/application/memory/` 层。MCP adapter 保留为 thin adapter（Zod schema + 委托调用）。CLI 命令直接调用 application 层。同时修复全量 TypeScript 编译错误（31→0）。
+
+新增文件：
+
+- `src/application/memory/executeAgentDiary.ts`
+- `src/application/memory/executeAssembleContext.ts`
+- `src/application/memory/executeAutoRecord.ts`
+- `src/application/memory/executeCheckpoints.ts`
+- `src/application/memory/executeFeedbackLoop.ts`
+- `src/application/memory/executeLongTermMemory.ts`
+- `src/application/memory/executeMemoryHub.ts`
+- `src/application/memory/executeModuleMemory.ts`
+- `src/application/memory/executePrepareHandoff.ts`
+- `src/application/memory/executeProjectMemory.ts`
+- `src/application/memory/executeSuggestPhaseBoundary.ts`
+- `src/application/memory/memoryTypes.ts`
+
+验收：
+
+- ✅ CLI 不再 import `src/mcp/tools/*` 中的 memory 工具 handler
+- ✅ MCP tools 仅保留 Zod schema + thin delegation
+- ✅ 全量 TypeScript 编译 0 错误
+- ✅ 架构文档已同步
+
 ## 完成定义
 
 当满足以下条件时，可认为本重构完成：
 
-- CLI 与 MCP 共享 application/use case，而不是互相依赖
-- 用户可明确选择 `cli-skill` 或 `mcp`
-- setup、skill、prompt、运行时行为与所选模式一致
-- 文档与测试不再把混搭路径当作默认方案
-- 兼容层被限制在可删除的过渡边界内
+- ✅ CLI 与 MCP 共享 application/use case，而不是互相依赖
+- ✅ 用户可明确选择 `cli-skill` 或 `mcp`
+- ✅ setup、skill、prompt、运行时行为与所选模式一致
+- ✅ 文档与测试不再把混搭路径当作默认方案
+- ✅ 兼容层被限制在可删除的过渡边界内
+- ✅ Memory 工具业务逻辑下沉到 application 层，MCP adapter 为 thin adapter
 
 ## 推荐执行顺序