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Update Workflows to Version 1.0.1 #63
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| Original file line number | Diff line number | Diff line change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| @@ -0,0 +1,229 @@ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "03 Maintain: Apply Package Cache" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| description: "Generate the package cache for the lesson after a pull request has been merged or via manual trigger, and cache in S3 or GitHub" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| on: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| workflow_dispatch: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inputs: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| description: 'Who triggered this build?' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| required: true | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| default: 'Maintainer (via GitHub)' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pull_request: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| types: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - closed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| branches: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - main | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| # queue cache runs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| concurrency: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| group: docker-apply-cache | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cancel-in-progress: false | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| jobs: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| preflight: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Preflight: PR or Manual Trigger?" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| outputs: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| do-apply: ${{ steps.check.outputs.merged_or_manual }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Should we run cache application?" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: check | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if [[ "${{ github.event_name }}" == "workflow_dispatch" || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ("${{ github.ref }}" == "refs/heads/main" && "${{ github.event.action }}" == "closed" && "${{ github.event.pull_request.merged }}" == "true") ]]; then | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| echo "merged_or_manual=true" >> $GITHUB_OUTPUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| else | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| echo "This was not a manual trigger and no PR was merged. No action taken." | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| echo "merged_or_manual=false" >> $GITHUB_OUTPUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fi | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| check-renv: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Check If We Need {renv}" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs: preflight | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: needs.preflight.outputs.do-apply == 'true' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| permissions: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id-token: write | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| outputs: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| renv-needed: ${{ steps.check-for-renv.outputs.renv-needed }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| renv-cache-hashsum: ${{ steps.check-for-renv.outputs.renv-cache-hashsum }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| renv-cache-available: ${{ steps.check-for-renv.outputs.renv-cache-available }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Check for renv" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: check-for-renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/renv-checks@main | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| role-to-assume: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_ARN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| aws-region: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_REGION }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_TAG: ${{ vars.WORKBENCH_TAG || 'latest' }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| no-renv-cache-used: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "No renv cache used" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs: check-renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: needs.check-renv.outputs.renv-needed != 'true' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "No renv cache needed" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: echo "No renv cache needed for this lesson" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| renv-cache-available: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Comment on lines
+62
to
+70
Check warningCode scanning / CodeQL Workflow does not contain permissions Medium
Actions job or workflow does not limit the permissions of the GITHUB_TOKEN. Consider setting an explicit permissions block, using the following as a minimal starting point: {}
Copilot AutofixAI about 1 month ago Add an explicit root-level
Keep the existing Where to change: No imports/dependencies/methods are needed (YAML config only).
Suggested changeset
1
.github/workflows/docker_apply_cache.yaml
Copilot is powered by AI and may make mistakes. Always verify output.
Refresh and try again.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "renv cache available" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs: check-renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: needs.check-renv.outputs.renv-cache-available == 'true' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "renv cache available" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: echo "renv cache available for this lesson" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| update-renv-cache: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Comment on lines
+71
to
+79
Check warningCode scanning / CodeQL Workflow does not contain permissions Medium
Actions job or workflow does not limit the permissions of the GITHUB_TOKEN. Consider setting an explicit permissions block, using the following as a minimal starting point: {}
Copilot AutofixAI about 1 month ago Add an explicit root-level
Keep existing job-specific permissions (like the one already under
Suggested changeset
1
.github/workflows/docker_apply_cache.yaml
Copilot is powered by AI and may make mistakes. Always verify output.
Refresh and try again.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Update renv Cache" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs: check-renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs.check-renv.outputs.renv-needed == 'true' && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs.check-renv.outputs.renv-cache-available != 'true' && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| github.event_name == 'workflow_dispatch' || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| github.event.pull_request.merged == true && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| contains( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| join(github.event.pull_request.labels.*.name, ','), | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 'type: package cache' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| github.event.pull_request.head.ref == 'update/packages' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| contains( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| join(github.event.pull_request.labels.*.name, ','), | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 'type: workflows' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| github.event.pull_request.head.ref == 'update/workflows' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| contains( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| join(github.event.pull_request.labels.*.name, ','), | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 'type: docker version' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| github.event.pull_request.head.ref == 'update/workbench-docker-version' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| permissions: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| checks: write | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| contents: write | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pages: write | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id-token: write | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| container: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| image: ghcr.io/carpentries/workbench-docker:${{ vars.WORKBENCH_TAG || 'latest' }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| env: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_PROFILE: "ci" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_PATHS_ROOT: /home/rstudio/lesson/renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_PROFILE: "lesson-requirements" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_VERSION: ${{ needs.check-renv.outputs.renv-cache-hashsum }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_CONFIG_EXTERNAL_LIBRARIES: "/usr/local/lib/R/site-library" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| volumes: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - ${{ github.workspace }}:/home/rstudio/lesson | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| options: --cpus 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - uses: actions/checkout@v6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Debugging Info" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| echo "Current Directory: $(pwd)" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ls -lah /home/rstudio/.workbench | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ls -lah $(pwd) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Rscript -e 'sessionInfo()' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Mark Repository as Safe" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| git config --global --add safe.directory $(pwd) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Ensure sandpaper is loadable" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| .libPaths() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| library(sandpaper) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: Rscript {0} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Setup Lesson Dependencies" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Rscript /home/rstudio/.workbench/setup_lesson_deps.R | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Fortify renv Cache" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Rscript /home/rstudio/.workbench/fortify_renv_cache.R | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Get Container Version Used" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: wb-vers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/container-version@main | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_TAG: ${{ vars.WORKBENCH_TAG }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| renv-needed: ${{ needs.check-renv.outputs.renv-needed }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Validate Current Org and Workflow" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: validate-org-workflow | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/validate-org-workflow@main | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| repo: ${{ github.repository }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| workflow: ${{ github.workflow }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
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| - name: "Configure AWS credentials via OIDC" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: aws-creds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| env: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| role-to-assume: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_ARN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| aws-region: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_REGION }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps.validate-org-workflow.outputs.is_valid == 'true' && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| env.role-to-assume != '' && | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| env.aws-region != '' | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: aws-actions/configure-aws-credentials@v6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| role-to-assume: ${{ env.role-to-assume }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| aws-region: ${{ env.aws-region }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| output-credentials: true | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Upload cache object to S3" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| id: upload-cache | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: tespkg/actions-cache@v1.10.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| accessKey: ${{ steps.aws-creds.outputs.aws-access-key-id }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| secretKey: ${{ steps.aws-creds.outputs.aws-secret-access-key }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| sessionToken: ${{ steps.aws-creds.outputs.aws-session-token }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bucket: workbench-docker-caches | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| path: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /home/rstudio/lesson/renv | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| /usr/local/lib/R/site-library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| key: ${{ github.repository }}/${{ steps.wb-vers.outputs.container-version }}_renv-${{ needs.check-renv.outputs.renv-cache-hashsum }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| restore-keys: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ${{ github.repository }}/${{ steps.wb-vers.outputs.container-version }}_renv- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| record-cache-result: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Record Caching Status" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| needs: [check-renv, update-renv-cache] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| if: always() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| env: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Record cache result" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| echo "${{ needs.update-renv-cache.result == 'success' || needs.check-renv.outputs.renv-cache-available == 'true' || 'false' }}" > ${{ github.workspace }}/apply-cache-result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Upload cache result" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| uses: actions/upload-artifact@v7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| with: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| name: apply-cache-result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| path: ${{ github.workspace }}/apply-cache-result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Comment on lines
+212
to
+229
Check warningCode scanning / CodeQL Workflow does not contain permissions Medium
Actions job or workflow does not limit the permissions of the GITHUB_TOKEN. Consider setting an explicit permissions block, using the following as a minimal starting point: {}
Copilot AutofixAI about 1 month ago Add an explicit Given this workflow uploads artifacts and uses OIDC for AWS credentials, include:
No imports/dependencies/methods are needed (YAML config only).
Suggested changeset
1
.github/workflows/docker_apply_cache.yaml
Copilot is powered by AI and may make mistakes. Always verify output.
Refresh and try again.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Original file line number | Diff line number | Diff line change | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| @@ -0,0 +1,161 @@ | |||||||||||||||||||||||||||||
| name: "01 Maintain: Build and Deploy Site" | |||||||||||||||||||||||||||||
| description: "Build and deploy the lesson site using the carpentries/workbench-docker container" | |||||||||||||||||||||||||||||
| on: | |||||||||||||||||||||||||||||
| push: | |||||||||||||||||||||||||||||
| branches: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - 'main' | |||||||||||||||||||||||||||||
| - 'l10n_main' | |||||||||||||||||||||||||||||
| paths-ignore: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - '.github/workflows/**.yaml' | |||||||||||||||||||||||||||||
| - '.github/workbench-docker-version.txt' | |||||||||||||||||||||||||||||
| schedule: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - cron: '0 0 * * 2' | |||||||||||||||||||||||||||||
| workflow_run: | |||||||||||||||||||||||||||||
| workflows: ["03 Maintain: Apply Package Cache"] | |||||||||||||||||||||||||||||
| types: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - completed | |||||||||||||||||||||||||||||
| workflow_dispatch: | |||||||||||||||||||||||||||||
| inputs: | |||||||||||||||||||||||||||||
| name: | |||||||||||||||||||||||||||||
| description: 'Who triggered this build?' | |||||||||||||||||||||||||||||
| required: true | |||||||||||||||||||||||||||||
| default: 'Maintainer (via GitHub)' | |||||||||||||||||||||||||||||
| CACHE_VERSION: | |||||||||||||||||||||||||||||
| description: 'Optional renv cache version override' | |||||||||||||||||||||||||||||
| required: false | |||||||||||||||||||||||||||||
| default: '' | |||||||||||||||||||||||||||||
| reset: | |||||||||||||||||||||||||||||
| description: 'Reset cached markdown files' | |||||||||||||||||||||||||||||
| required: true | |||||||||||||||||||||||||||||
| default: false | |||||||||||||||||||||||||||||
| type: boolean | |||||||||||||||||||||||||||||
| force-skip-manage-deps: | |||||||||||||||||||||||||||||
| description: 'Skip build-time dependency management' | |||||||||||||||||||||||||||||
| required: true | |||||||||||||||||||||||||||||
| default: false | |||||||||||||||||||||||||||||
| type: boolean | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| # only one build/deploy at a time | |||||||||||||||||||||||||||||
| concurrency: | |||||||||||||||||||||||||||||
| group: docker-build-deploy | |||||||||||||||||||||||||||||
| cancel-in-progress: true | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| jobs: | |||||||||||||||||||||||||||||
| preflight: | |||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Preflight: Schedule, Push, or PR?" | |||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | |||||||||||||||||||||||||||||
| outputs: | |||||||||||||||||||||||||||||
| do-build: ${{ steps.build-check.outputs.do-build }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| renv-needed: ${{ steps.build-check.outputs.renv-needed }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| renv-cache-hashsum: ${{ steps.build-check.outputs.renv-cache-hashsum }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| workbench-container-file-exists: ${{ steps.wb-vers.outputs.workbench-container-file-exists }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| wb-vers: ${{ steps.wb-vers.outputs.container-version }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| last-wb-vers: ${{ steps.wb-vers.outputs.last-container-version }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| workbench-update: ${{ steps.wb-vers.outputs.workbench-update }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| env: | |||||||||||||||||||||||||||||
| GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Should we run build and deploy?" | |||||||||||||||||||||||||||||
| id: build-check | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/build-preflight@main | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Checkout Lesson" | |||||||||||||||||||||||||||||
| if: steps.build-check.outputs.do-build == 'true' | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: actions/checkout@v6 | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Get container version info" | |||||||||||||||||||||||||||||
| id: wb-vers | |||||||||||||||||||||||||||||
| if: steps.build-check.outputs.do-build == 'true' | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/container-version@main | |||||||||||||||||||||||||||||
| with: | |||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_TAG: ${{ vars.WORKBENCH_TAG }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| renv-needed: ${{ steps.build-check.outputs.renv-needed }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| full-build: | |||||||||||||||||||||||||||||
|
Comment on lines
+45
to
+75
Check warningCode scanning / CodeQL Workflow does not contain permissions Medium
Actions job or workflow does not limit the permissions of the GITHUB_TOKEN. Consider setting an explicit permissions block, using the following as a minimal starting point: {contents: read}
Copilot AutofixAI about 1 month ago Add an explicit Edit region: in
insert: permissions:
contents: readNo imports/dependencies/methods are needed.
Suggested changeset
1
.github/workflows/docker_build_deploy.yaml
Copilot is powered by AI and may make mistakes. Always verify output.
Refresh and try again.
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Build Full Site" | |||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs: preflight | |||||||||||||||||||||||||||||
| if: | | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs.preflight.outputs.do-build == 'true' && | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs.preflight.outputs.workbench-update != 'true' | |||||||||||||||||||||||||||||
| env: | |||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_EXISTS: ${{ needs.preflight.outputs.renv-needed }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_HASH: ${{ needs.preflight.outputs.renv-cache-hashsum }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| permissions: | |||||||||||||||||||||||||||||
| checks: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| contents: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| pages: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| id-token: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| container: | |||||||||||||||||||||||||||||
| image: ghcr.io/carpentries/workbench-docker:${{ vars.WORKBENCH_TAG || 'latest' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| env: | |||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_PROFILE: "ci" | |||||||||||||||||||||||||||||
| GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_PATHS_ROOT: /home/rstudio/lesson/renv | |||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_PROFILE: "lesson-requirements" | |||||||||||||||||||||||||||||
| RENV_CONFIG_EXTERNAL_LIBRARIES: "/usr/local/lib/R/site-library" | |||||||||||||||||||||||||||||
| volumes: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - ${{ github.workspace }}:/home/rstudio/lesson | |||||||||||||||||||||||||||||
| options: --cpus 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - uses: actions/checkout@v6 | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Debugging Info" | |||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | |||||||||||||||||||||||||||||
| cd /home/rstudio/lesson | |||||||||||||||||||||||||||||
| echo "Current Directory: $(pwd)" | |||||||||||||||||||||||||||||
| echo "RENV_HASH is $RENV_HASH" | |||||||||||||||||||||||||||||
| ls -lah /home/rstudio/.workbench | |||||||||||||||||||||||||||||
| ls -lah $(pwd) | |||||||||||||||||||||||||||||
| Rscript -e 'sessionInfo()' | |||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Mark Repository as Safe" | |||||||||||||||||||||||||||||
| run: | | |||||||||||||||||||||||||||||
| git config --global --add safe.directory $(pwd) | |||||||||||||||||||||||||||||
| shell: bash | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Setup Lesson Dependencies" | |||||||||||||||||||||||||||||
| id: build-container-deps | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/build-container-deps@main | |||||||||||||||||||||||||||||
| with: | |||||||||||||||||||||||||||||
| CACHE_VERSION: ${{ vars.CACHE_VERSION || github.event.inputs.CACHE_VERSION || '' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| WORKBENCH_TAG: ${{ vars.WORKBENCH_TAG || 'latest' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| LESSON_PATH: ${{ vars.LESSON_PATH || '/home/rstudio/lesson' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| role-to-assume: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_ARN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| aws-region: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_REGION }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Run Container and Build Site" | |||||||||||||||||||||||||||||
| id: build-and-deploy | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/build-and-deploy@main | |||||||||||||||||||||||||||||
| with: | |||||||||||||||||||||||||||||
| reset: ${{ vars.BUILD_RESET || github.event.inputs.reset || 'false' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| skip-manage-deps: ${{ github.event.inputs.force-skip-manage-deps == 'true' || steps.build-container-deps.outputs.renv-cache-available || steps.build-container-deps.outputs.backup-cache-used || 'false' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| lang-code: ${{ vars.LANG_CODE || '' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||
| update-container-version: | |||||||||||||||||||||||||||||
| name: "Update container version used" | |||||||||||||||||||||||||||||
| runs-on: ubuntu-latest | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs: [preflight] | |||||||||||||||||||||||||||||
| permissions: | |||||||||||||||||||||||||||||
| actions: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| contents: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| pull-requests: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| id-token: write | |||||||||||||||||||||||||||||
| if: | | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs.preflight.outputs.do-build == 'true' && | |||||||||||||||||||||||||||||
| ( | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs.preflight.outputs.workbench-container-file-exists == 'false' || | |||||||||||||||||||||||||||||
| needs.preflight.outputs.workbench-update == 'true' | |||||||||||||||||||||||||||||
| ) | |||||||||||||||||||||||||||||
| steps: | |||||||||||||||||||||||||||||
| - name: "Record container version used" | |||||||||||||||||||||||||||||
| uses: carpentries/actions/record-container-version@main | |||||||||||||||||||||||||||||
| with: | |||||||||||||||||||||||||||||
| CONTAINER_VER: ${{ needs.preflight.outputs.wb-vers }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| AUTO_MERGE: ${{ vars.AUTO_MERGE_CONTAINER_VERSION_UPDATE || 'true' }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| role-to-assume: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_ARN }} | |||||||||||||||||||||||||||||
| aws-region: ${{ secrets.AWS_GH_OIDC_REGION }} | |||||||||||||||||||||||||||||
Check warning
Code scanning / CodeQL
Workflow does not contain permissions Medium
Copilot Autofix
AI about 1 month ago
The best fix is to add a workflow-level
permissionsblock near the top of.github/workflows/docker_apply_cache.yaml, so all jobs get a restricted default token scope. Keep existing job-level overrides (likecheck-renvwithid-token: write) unchanged, because job-level permissions can extend/override as needed for OIDC.For this workflow, a safe minimal baseline is:
contents: read(common read access for repository content)actions: readif needed by marketplace actions resolution (often not required explicitly, but acceptable)Given the static analysis recommendation and least-privilege principle, adding
permissions: { contents: read }at workflow root is the single best low-risk change that does not alter intended functionality.