关于Table of Tissue Block

[RichardLin1999]

您好，在使用TCGA-BRCA数据库复现时，我如何可以获取nlst_path_tissue_block_20180727.csv这样的类似文件呢？您有具体的处理过程吗？如果您能提供，我将不胜感激！

[liupei101]

TCGA-BRCA数据集不涉及类似nlst_path_tissue_block_20180727.csv的文件。类似nlst_path_tissue_block_20180727.csv的文件在NLST数据集中。

如果您在使用我们代码时遇到问题，建议写明更加具体的情况，如在哪个具体步骤？执行那行具体代码？等等。

祝顺利。

[RichardLin1999]

我在执行graph_builder时，需要一个csv文件是，nlst_path_path2pat.csv。
我目前使用的是TCGA-BRCA数据集，我可以如何生成这个csv文件呢？
感谢您的回复！

[liupei101]

这个csv文件需包含两列：pathology_id 和 patient_id。其中pathology_id列表示WSI的病理编号，patient_id列表示WSI对应的病人编号。例如，对于TCGA-BRCA中的一张片子，“TCGA-3C-AALI-01Z-00-DX1.F6E9A5DF-D8FB-45CF-B4BD-C6B76294C291.svs”，它应该对应csv文件中的一行，且pathology_id=TCGA-3C-AALI-01Z-00-DX1.F6E9A5DF-D8FB-45CF-B4BD-C6B76294C291，patient_id=TCGA-3C-AALI。最终的csv文件中所有出现过的病理编号，都能够找到它们对应的h5文件（特征文件）即可。

祝顺利。