add retain_atom_idx

Author: Chiu Peter

crystal_toolkit/renderables/site.py

@@ -137,7 +137,7 @@ def get_site_scene(
                 phiEnd=phiEnd,
                 clickable=True,
                 tooltip=name,
-                _meta=[site_idx],
+                _meta=[site_idx] if retain_atom_idx else None,
             )
             atoms.append(sphere)
 
@@ -210,7 +210,9 @@ def get_site_scene(
                                     radius=bond_radius / 2,
                                     clickable=True,
                                     tooltip=name_cyl,
-                                    _meta=[site_idx, connected_site.index],
+                                    _meta=[site_idx, connected_site.index]
+                                    if retain_atom_idx
+                                    else None,
                                 )
                             )
                             trans_vector = trans_vector + 0.25 * max_radius
@@ -222,7 +224,9 @@ def get_site_scene(
                             radius=bond_radius,
                             clickable=True,
                             tooltip=name_cyl,
-                            _meta=[site_idx, connected_site.index],
+                            _meta=[site_idx, connected_site.index]
+                            if retain_atom_idx
+                            else None,
                         )
                         bonds.append(cylinder)
 
@@ -233,7 +237,7 @@ def get_site_scene(
                     radius=bond_radius,
                     clickable=True,
                     tooltip=name_cyl,
-                    _meta=[site_idx, connected_site.index],
+                    _meta=[site_idx, connected_site.index] if retain_atom_idx else None,
                 )
                 bonds.append(cylinder)
             all_positions.append(connected_position.tolist())
@@ -257,7 +261,7 @@ def get_site_scene(
                     positionPairs=[[position, bond_midpoint.tolist()]],
                     color=color,
                     radius=bond_radius,
-                    _meta=[site_idx, connected_site.index],
+                    _meta=[site_idx, connected_site.index] if retain_atom_idx else None,
                 )
                 bonds.append(cylinder)
                 all_positions.append(connected_position.tolist())