Remove the file-upload workspace feature; keep namespace discovery (#14)

The namespace file-workspace was a generic base64 blob store (upload/list/
delete files under a server root) — a redundant ingestion path next to local
`ccg build` and webhook clone/pull, and off the project's purpose (annotation +
graph + search for code context). Drop it, but keep namespace *discovery*.

- delete internal/namespacefs (~500 LOC: upload/list/delete/write machinery)
- remove 5 MCP tools: upload_file, upload_files, list_files, delete_file,
  delete_namespace (24 -> ... net 21 with the reworked tool below)
- rework list_namespaces to be graph-backed: distinct namespaces with
  per-namespace node counts, paginated, cross-namespace; registered under the
  query tool group so callers can scope searches to other namespaces
- relocate the namespace path-safety helpers into internal/mcp/namespace_paths.go
  (used by RAG doc reads), rewired onto pathutil.ValidateNamespacePath +
  safepath.EnsureNoSymlinkInPath; validation logic is unchanged
- move the namespace-name/path validator to internal/pathutil; wikiserver uses it
- sweep docs, skills, AGENTS.md, and the integration script (drop the file-upload
  phases; the MCP build phase relied on upload and is covered by the webhook
  clone->build pipeline)

Path-traversal and symlink-escape checks are preserved verbatim (independently
reviewed). Net -2235 lines.

Co-authored-by: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>

Author: tae2089

.claude/skills/ccg-docs/SKILL.md

@@ -56,15 +56,6 @@ User: "RAG 인덱스 만들어줘"
 → Creates searchable document tree from docs + communities
 ```
 
-### Build RAG index from namespace docs
-```
-User: "my-service namespace 문서로 RAG 인덱스 만들어줘"
-→ upload_file(namespace: "my-service", file_path: "docs/handler.go.md", content: "<base64>")
-→ build_rag_index(namespace: "my-service")
-→ search_docs(query: "handler")
-→ get_doc_content(namespace: "my-service", file_path: "docs/handler.go.md")
-```
-
 ### Check documentation quality
 ```
 User: "문서 상태 체크해줘"

.claude/skills/ccg-workspace/SKILL.md

@@ -60,7 +60,6 @@ Related skills:
   /ccg-analyze              — Code analysis & architecture
   /ccg-annotate             — Annotation system & AI workflow
   /ccg-docs                 — Documentation & RAG indexing
-  /ccg-workspace            — Namespace file management
 ```
 
 ## MCP Tools (7)

.claude/skills/ccg/SKILL.md

@@ -8,14 +8,13 @@ The ccg MCP server registered in `.mcp.json` provides 33 tools:
 
 - `parse_project`, `build_or_update_graph`, `run_postprocess`
 - `get_postprocess_policy`, `reset_postprocess_policy`
-- `get_node`, `search`, `query_graph`, `list_graph_stats`, `get_minimal_context`
+- `get_node`, `search`, `query_graph`, `list_graph_stats`, `list_namespaces`, `get_minimal_context`
 - `get_impact_radius`, `trace_flow`
 - `find_large_functions`, `find_dead_code`
 - `detect_changes`, `get_affected_flows`, `list_flows`
 - `list_communities`, `get_community`, `get_architecture_overview`
 - `get_annotation`
 - `build_rag_index`, `get_rag_tree`, `get_doc_content`, `search_docs`, `retrieve_docs`
-- `upload_file`, `upload_files`, `list_namespaces`, `list_files`, `delete_file`, `delete_namespace`
 
 `ccg serve` is the local stdio MCP entry point. Self-hosted HTTP mode is provided by
 the separate `ccg-server` binary, which serves `/mcp`, `/health`, `/ready`, `/status`,

AGENTS.md

@@ -6,16 +6,15 @@ Follow the global prompt rules first. This file adds project-specific skill rout
 
 ## MCP 서버
 
-`.mcp.json`에 등록된 ccg MCP 서버가 26개 도구를 제공합니다:
+`.mcp.json`에 등록된 ccg MCP 서버가 21개 도구를 제공합니다:
 
 - `parse_project`, `build_or_update_graph`, `run_postprocess`
 - `get_postprocess_policy`, `reset_postprocess_policy`
-- `get_node`, `search`, `query_graph`, `list_graph_stats`, `get_minimal_context`
+- `get_node`, `search`, `query_graph`, `list_graph_stats`, `list_namespaces`, `get_minimal_context`
 - `get_impact_radius`, `trace_flow`, `find_suspect_fallback_edges`
 - `detect_changes`, `get_affected_flows`, `list_flows`
 - `get_annotation`
 - `get_doc_content`, `search_docs`, `retrieve_docs`
-- `upload_file`, `upload_files`, `list_files`, `delete_file`, `list_namespaces`, `delete_namespace`
 
 HTTP 모드 (`--transport streamable-http`)에서는 `/health` 및 `/webhook` 엔드포인트도 제공합니다.
 Webhook은 `--allow-repo` 플래그로 허용 리포지토리를 설정하면 활성화됩니다.
@@ -24,15 +23,14 @@ GitHub (`X-Hub-Signature-256`) 및 Gitea (`X-Gitea-Signature`, `X-Gitea-Event`)
 Push 이벤트 수신 → 자동 clone/pull → 그래프 빌드 → DB 저장 파이프라인.
 Graceful shutdown: SIGINT/SIGTERM 시 진행 중인 clone/build에 context cancel 전파.
 
-## CLI Skills (5개)
+## CLI Skills (4개)
 
-| Skill            | 설명                                                        |
-| ---------------- | ----------------------------------------------------------- |
-| `/ccg`           | 코어 빌드 & 검색 — 파싱, 그래프 빌드, 쿼리, 검색            |
-| `/ccg-analyze`   | 코드 분석 — 영향 반경, 플로우 추적, 데드코드, 아키텍처      |
-| `/ccg-annotate`  | 어노테이션 시스템 — AI 어노테이션 워크플로우, 태그 레퍼런스 |
-| `/ccg-docs`      | 문서 — 문서 생성, RAG 인덱싱, lint                          |
-| `/ccg-workspace` | 파일 워크스페이스 — 파일/워크스페이스 업로드, 목록, 삭제    |
+| Skill           | 설명                                                        |
+| --------------- | ----------------------------------------------------------- |
+| `/ccg`          | 코어 빌드 & 검색 — 파싱, 그래프 빌드, 쿼리, 검색            |
+| `/ccg-analyze`  | 코드 분석 — 영향 반경, 플로우 추적, 데드코드, 아키텍처      |
+| `/ccg-annotate` | 어노테이션 시스템 — AI 어노테이션 워크플로우, 태그 레퍼런스 |
+| `/ccg-docs`     | 문서 — 문서 생성, RAG 인덱싱, lint                          |
 
 주요 커맨드:
 

CLAUDE.md

@@ -139,37 +139,28 @@ RAG 인덱스 품질은 생성 문서와 비어 있지 않은 community postproc
 `run_postprocess`를 `communities=true`, `flows=false`, `fts=false`로
 호출하십시오.
 
-### 네임스페이스 파일 관리 (Namespace File Management)
+### 네임스페이스 탐색 (Namespace Discovery)
 
-업로드 파일, 서비스별 그래프 데이터, 네임스페이스별 RAG 인덱스의 격리 단위는
-`namespace`입니다.
+서비스별 그래프 데이터와 네임스페이스별 RAG 인덱스의 격리 단위는 `namespace`입니다.
 
 | 도구 | 설명 |
 |------|-------------|
-| `upload_file` | 네임스페이스에 파일 업로드 (base64) |
-| `upload_files` | 단일 호출로 여러 네임스페이스에 다수 파일 업로드 |
-| `list_namespaces` | 모든 네임스페이스 목록 출력 |
-| `list_files` | 네임스페이스 내 파일 목록 출력 |
-| `delete_file` | 네임스페이스에서 파일 삭제 |
-| `delete_namespace` | 네임스페이스 전체 및 관련 파일 모두 삭제 |
+| `list_namespaces` | 그래프 데이터를 가진 네임스페이스를 네임스페이스별 노드 수와 함께 출력 |
 
 정식 예시:
 
 ```
-upload_file(namespace: "payment-svc", file_path: "handler.go", content: "<base64>")
-list_files(namespace: "payment-svc")
-delete_namespace(namespace: "payment-svc")
+list_namespaces()  // -> [{namespace: "payment-svc", node_count: 128}, ...]
 ```
 
-## Agent Skills (5개)
+## Agent Skills (4개)
 
 | 스킬 | 설명 |
 |-------|-------------|
 | `/ccg` | 핵심 빌드 및 검색 — 파싱, 그래프 빌드, 쿼리, 검색 |
 | `/ccg-analyze` | 코드 분석 — 영향 범위, 흐름 추적, 데드 코드, 아키텍처 |
 | `/ccg-annotate` | 어노테이션 시스템 — AI 기반 어노테이션 워크플로우, 태그 레퍼런스 |
 | `/ccg-docs` | 문서화 — 문서 생성, RAG 인덱싱, 린트 |
-| `/ccg-namespace` | 네임스페이스 파일 관리 — 네임스페이스 파일 업로드, 목록 출력, 삭제 |
 
 이 스킬 파일들은 `skills/`에 있으며 slash-command 스타일의 에이전트
 워크플로우를 위해 작성되었습니다. 일반적인 코딩 에이전트 작업을 적절한

guide/ko/mcp-tools.md

@@ -144,37 +144,29 @@ when it is configured. In MCP-only workflows, run `run_postprocess` with
 `communities=true`, `flows=false`, and `fts=false` before `build_rag_index` when
 communities may be missing.
 
-### Namespace File Management
+### Namespace Discovery
 
-Use `namespace` as the isolation term for uploaded files, per-service graph data,
-and namespace-specific RAG indexes.
+`namespace` is the isolation term for per-service graph data and namespace-specific
+RAG indexes.
 
 | Tool | Description |
 |------|-------------|
-| `upload_file` | Upload file to namespace (base64) |
-| `upload_files` | Upload multiple files to namespaces in a single call |
-| `list_namespaces` | List all namespaces |
-| `list_files` | List files in a namespace |
-| `delete_file` | Delete file from namespace |
-| `delete_namespace` | Delete an entire namespace and all its files |
+| `list_namespaces` | List namespaces that hold graph data, with per-namespace node counts |
 
-Canonical examples:
+Canonical example:
 
 ```
-upload_file(namespace: "payment-svc", file_path: "handler.go", content: "<base64>")
-list_files(namespace: "payment-svc")
-delete_namespace(namespace: "payment-svc")
+list_namespaces()  // -> [{namespace: "payment-svc", node_count: 128}, ...]
 ```
 
-## Agent Skills (5)
+## Agent Skills (4)
 
 | Skill | Description |
 |-------|-------------|
 | `/ccg` | Core build & search — parse, build graph, query, search |
 | `/ccg-analyze` | Code analysis — impact radius, flow tracing, dead code, architecture |
 | `/ccg-annotate` | Annotation system — AI-driven annotation workflow, tag reference |
 | `/ccg-docs` | Documentation — generate docs, RAG indexing, lint |
-| `/ccg-namespace` | Namespace file management — upload, list, and delete namespace files |
 
 These skill files live in `skills/` and are written for slash-command style
 agent workflows. They route common coding-agent tasks to the right CLI and MCP

guide/mcp-tools.md

@@ -2,7 +2,6 @@ package mcp
 
 import (
 	"context"
-	"encoding/base64"
 	"encoding/json"
 	"errors"
 	"fmt"
@@ -524,101 +523,3 @@ func Gamma() {}
 		t.Errorf("expected at least 3 nodes, got %v", resp["total_nodes"])
 	}
 }
-
-func TestE2E_UploadBuildSearch(t *testing.T) {
-	deps := setupE2EDeps(t)
-
-	wsRoot := t.TempDir()
-	deps.NamespaceRoot = wsRoot
-
-	// Step 1: Upload Go source into the namespace with upload_file.
-	goSrc := `package payment
-
-func ProcessPayment(amount int) error {
-	return nil
-}
-
-func RefundPayment(txID string) error {
-	return nil
-}
-`
-	encoded := base64.StdEncoding.EncodeToString([]byte(goSrc))
-
-	uploadResult := callTool(t, deps, "upload_file", map[string]any{
-		"namespace": "payment-svc",
-		"file_path": "payment.go",
-		"content":   encoded,
-	})
-	if uploadResult.IsError {
-		t.Fatalf("upload_file error: %s", getTextContent(uploadResult))
-	}
-
-	// Step 2: Build the namespace path with build_or_update_graph.
-	wsPath := filepath.Join(wsRoot, "payment-svc")
-	buildResult := callTool(t, deps, "build_or_update_graph", map[string]any{
-		"path":         wsPath,
-		"full_rebuild": true,
-		"postprocess":  "none",
-	})
-	if buildResult.IsError {
-		t.Fatalf("build_or_update_graph error: %s", getTextContent(buildResult))
-	}
-
-	// Step 3: Build the search index.
-	ctx := context.Background()
-	nodesInFile, err := deps.Store.GetNodesByFile(ctx, "payment.go")
-	if err != nil {
-		t.Fatal(err)
-	}
-	if len(nodesInFile) == 0 {
-		t.Fatal("expected at least 1 node after build")
-	}
-	for _, n := range nodesInFile {
-		if n.Kind == model.NodeKindFunction {
-			deps.DB.Create(&model.SearchDocument{
-				NodeID:   n.ID,
-				Content:  n.Name + " " + n.QualifiedName,
-				Language: n.Language,
-			})
-		}
-	}
-	deps.SearchBackend.Rebuild(ctx, deps.DB)
-
-	// Step 4: Verify with search.
-	searchResult := callTool(t, deps, "search", map[string]any{"query": "ProcessPayment", "limit": 10})
-	if searchResult.IsError {
-		t.Fatalf("search error: %s", getTextContent(searchResult))
-	}
-	searchText := getTextContent(searchResult)
-	var results []map[string]any
-	if err := json.Unmarshal([]byte(searchText), &results); err != nil {
-		t.Fatalf("search result not JSON array: %s", searchText)
-	}
-	if len(results) == 0 {
-		t.Fatal("expected at least 1 search result for 'ProcessPayment'")
-	}
-
-	found := false
-	for _, r := range results {
-		if name, ok := r["name"].(string); ok && name == "ProcessPayment" {
-			found = true
-		}
-	}
-	if !found {
-		t.Error("expected ProcessPayment in search results")
-	}
-
-	// Step 5: Confirm Refund is searchable too.
-	refundResult := callTool(t, deps, "search", map[string]any{"query": "RefundPayment", "limit": 10})
-	if refundResult.IsError {
-		t.Fatalf("search error: %s", getTextContent(refundResult))
-	}
-	refundText := getTextContent(refundResult)
-	var refundResults []map[string]any
-	if err := json.Unmarshal([]byte(refundText), &refundResults); err != nil {
-		t.Fatalf("search result not JSON array: %s", refundText)
-	}
-	if len(refundResults) == 0 {
-		t.Fatal("expected at least 1 search result for 'RefundPayment'")
-	}
-}