docker-conda-problem.md

如何在 host 触发 docker 里的 conda env 执行命令

问题描述

我有个 docker image （名为 seedllm），里面有 py310 / py311 两个 env

正常是: 手动跑命令，先 docker run -it 再 conda activate py310 最后 python3 -m run.py

现在要用 k8s 运行 docker，只能给一句命令

直接 conda env list 会报错 conda not found

$ sudo docker run  -it seedllm /bin/bash -c "conda env list "
..
/bin/bash: line 1: conda: command not found

一、不同 login 方法， env 不同

反复调试会发现 sudo docker run -it seedllm /bin/bash -c "env | grep PATH" ，和手动登录的 env 不一样。

而手动登进去 env | grep PATH 是有 conda 的

二、source ~/.bashrc 不生效

在 host 里 bash -c "source ~/.bashrc" 不生效

$ sudo docker run  -it seedllm /bin/bash -c "source ~/.bashrc && conda env list"
..
/bin/bash: line 1: conda: command not found

直接 export PATH=/root/miniconda3/bin:PATH && conda init bash 也没有效果

$ sudo docker run  -it seedllm /bin/bash -c "source ~/.bashrc && export PATH=/root/miniconda3/bin:$PATH && conda activate py310" 
..
CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate'

$ sudo docker run  -it seedllm /bin/bash -c "source ~/.bashrc && export PATH=/root/miniconda3/bin:$PATH && conda init bash &&  conda activate py310"
..
CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate

苟法

不用 conda activate 了，直接运行时指定 env，即 conda run -n py310 python3 --version

$ sudo docker run  -it seedllm /bin/bash -c "source ~/.bashrc && export PATH=/root/miniconda3/bin:$PATH && conda run -n py310 python3 --version"

Python 3.10.14

解法

bash -ic ..
bash -xc ..